如何利用PRIMER 5查找序列已知引物的产物位置及其是否跨内含子

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引物设计

问题四：如何利用MRNA序列和DNA序列，用PRIMER 5查找已知引物的产物位置，并确定其是否跨内含子。

1)找到目的引物的DNA序列和MRNA(cdna)序列，以问题三中用primer-blast设计的第8条引物为例。

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2)打开PRIMER 5，将CDNA序列贴入-》点击primer-》显示primer primer界面-》点击左上方的“S”，再点击EDIT primer -》显示EDIT primer界面，在“5‘-3‘”框中贴入已知的Forward primer，点击as is，显示序列已被贴入-》点击analyze，再点击primer-》显示输入的序列和已知CDNA良好配对，点击OK->显示“primer primer界面” 点击左上方的“A”，再点击EDIT primer -》显示EDIT primer界面，在“3‘-5‘”框中贴入已知的REVERSE primer，点击REVERSE，显示序列已被贴入-》点击analyze，再点击primer-》显示输入的序列和已知CDNA良好配对，点击OK->显示“primer primer界面”->在右上角显示PCR 产物的起始和结束位点，得到产物长度为145bp。

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3)打开PRIMER 5，将DNA序列贴入-》点击primer-》显示primer primer界面-》点击左上方的“S”，再点击EDIT primer -》显示EDIT primer界面，在“5‘-3‘”框中贴入已知的Forward primer，点击as is，显示序列已被贴入-》点击analyze，再点击primer-》显示输入的序列和已知CDNA良好配对，点击OK->显示“primer primer界面” 点击左上方的“A”，再点击EDIT primer -》显示EDIT primer界面，在“3‘-5‘”框中贴入已知的REVERSE primer，点击REVERSE，显示序列已被贴入-》点击analyze，再点击primer-》显示输入的序列和已知CDNA良好配对，点击OK->显示“primer primer界面”->在右上角显示PCR产物的起始和结束位点。

4)该引物利用DNA做模板产生的产物从95-1374，长度为1280bp，由上可知120-1254(长度1134)是内含子，那么，扣除内含子的产物应该是145bp。

5)所以，这是一条跨内含子的引物。

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