【求助】如何查找pri-miRNA序列或其在基因组中的位置

RT。在miRbase数据库里只能查到pre-miRNA与成熟miRNA序列，为什么没有pri-miRNA序列呢？pri-miRNA序列查找是不是在另一个数据库？

请参阅下面一贴：
http://biochemistry.dxy.cn/bbs/post/view?bid=154&id=15429796&sty=1&
下次发帖前先搜搜！

zhujoker主任,我的问题是如何查找pri-miRNA，而不是pre-miRNA

我觉得您可以从miRNA database 获取pre-miRNA序列，对pre-miRNA序列在GeneBank 上进行blast 就可以获得了，很简单的

如题，我也很困惑，在miRbase上找到染色体位置如：hsa-mir16-1的前提序列>hsa-mir-16-1 MI0000070
GUCAGCAGUGCCUUAGCAGCACGUAAAUAUUGGCGUUAAGAUUCUAAAAUUAUCUCCAGUAUUAACUGUGCUGCUGAAGUAAGGUUGAC
找到它在基因组中位置chr13:50623109-50623197，
对应序列>hg19_dna range=chr13:50623109-50623197 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
GTCAACCTTACTTCAGCAGCACAGTTAATACTGGAGATAATTTTAGAATC
TTAACGCCAATATTTACGTGCTGCTAAGGCACTGCTGAC

看不懂，不是包含关系

有高手回答吗，在线等

pri-miRNA是microRNA从DNA上转录出来的初级转录本，有可能很长上Kb，如一些miRNA簇mir-17-92,有可能只有100bp左右。目前没有想pre-miRNA和成熟miRNA的数据库供检索。当然也是可以通过一些生物信息学方法去推测的，如通过组蛋白标记H3K27me进行推断，最终还是要通过5‘RACE和3'RACE去证实到底有多长的。希望能帮助到您

[img]file:///C:\Users\wangying\AppData\Roaming\Tencent\Users\799973360\QQ\WinTemp\RichOle\Z%WCKS5%CU_J@GY%HE9(1IC.jpg[/img]


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谢谢，还是不明白，很多文章都用perl API在ensemb上查找，有会的吗