【求助】如何查找miRNA的转录起始位置
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给一个miRNA极其序列,如何查找它的转录起始位置,存在于哪个基因片段的内含子区域。请高人指点。
taijiwu wrote:
给一个miRNA极其序列,如何查找它的转录起始位置,存在于哪个基因片段的内含子区域。请高人指点。
这两个网址。
http://www.mirbase.org/
http://biochemistry.dxy.cn/bbs/topic/15429796?tpg=1&age=0
能否介绍一下使用方法啊
taijiwu wrote:
能否介绍一下使用方法啊
自学。
怎么不能上传附件呢。太神奇了。才2M都不行。
二楼的网址怎么只能查到碱基组成,我想查到miRNA到底来自哪个基因片段,比如miR-33存在于SREBP得内含子区域,是怎么得到的?有些miRNA存在于基因间区域,这个基因间区域是什么概念,这里的小RNA是否起作用?小RNA是否也存在于外显子区域?还请高人回答
taijiwu wrote:
二楼的网址怎么只能查到碱基组成,我想查到miRNA到底来自哪个基因片段,比如miR-33存在于SREBP得内含子区域,是怎么得到的?有些miRNA存在于基因间区域,这个基因间区域是什么概念,这里的小RNA是否起作用?小RNA是否也存在于外显子区域?还请高人回答
在mirBASE,输入你的miRNA,点击“go”,新页面上会看到一个“Gene family”链接,打开链接,会找到你需要的信息。再结合“UCSC”网站。
基因间区域应该是同条DNA链上相邻两个基因之间的区域,你再查一下相关资料。应该会起作用,可能会同时对两个基因起作用。但根据miRNA研究思路,应该预测其靶基因。
小RNA是否存在于外显子中,尊重科学,我没研究过,也未曾注意相关资料,你自己查阅吧,网络如此发达。
谢谢指导,looklook
taijiwu wrote:
给一个miRNA极其序列,如何查找它的转录起始位置,存在于哪个基因片段的内含子区域。请高人指点。
这个话题很好!归纳一下,应该叫“内含子miRNA与宿主基因在表达和功能上的关系”,国外研究较多,如Eva van Rooij.et al.Science. (2007)
Yoshmasa. et al. Biochem Bioph Res Co. (2009)
Sailen Barik. Nucleic Acids Res. (2008)
Bernard R.Wilfred.et al. Mol Genet Metab. (2007)
Alla Musiyenko.et al.J Mol Med. (2008)
Jason E. Fish.et al.Dev cell. (2008)
WM Grady.et al. Oncogene. (2008)
Frank Kuhnert. et al. Development. (2008)
Rayner KJ.et al. Science. (2010)
Najafi-Shoushtari SH.et al. Science.(2010)
国内起步较晚,但发展迅速。中文综述类涉及这方面的共三篇,作者有:陈俊宇(中山大学,已毕业从事其他工作)、邵宁生(军科院)、张传森(二军大解剖),每篇文章的价值,楼主可自己体会。另,本人的拙作将发表于中国生物化学与分子生物学报近两期内,敬请关注。
从楼主的帖子看,应该关注miRNA不久,祝文献查阅、实验顺利!
有空交流!
楼上的看了不少文献啊,谢谢指导,你所说的内含子miRNA与宿主基因的表达影响,国外的确做得很好,最近好几到发到SCIENCE上了,我就想知道,老外是怎么找到这个宿主基因的,假如这个miRNA存在于基因间区域又该如何,小弟最近还看了一篇关于如何删选miRNA的文章,就是说已证实多个miRNA共同调控一个基因,然后根据信息删选新的miRNA,以增加立体依据,避免少走弯路!还请楼上的帮忙解答一下
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