【求助】如何确认所得到的序列是转录因子？

从构建的表达文库中，通过DNA-protein互做调转录因子时，测序得到的片段如何进行分析确认是我想要的转录因子？因为我将得到的转录因子是未知的东西，所以对于拿回的测序结果很茫然不知如何去分析?请高手指点。

请问您是用酵母单杂交的方法拿到的蛋白吗？是否可以找到这个蛋白的基因序列？

拿到蛋白测序结果后，当然是blast一下是否有同源蛋白？那些同源蛋白是否有转录因子？

如果这样都没有结果，可以拿蛋白序列做一个蛋白空间结构的预测，看有没有转录因子元件，如zinc finger等。

其他的方法需要较长的时间，如突变等反向遗传学的方法。

如一个蛋白，人们对它一无所知，那真是一个大发现。好好把握吧！

谢谢您的回复！我是用酵母单杂的方法进行筛库的，目前得到很多的基因序列，我在NCBI中进行了blast比对，只找到几个同源蛋白，但都不是转录因子。而且我分析了三十多个序列，有95%以上基本都是刚刚翻译了几十个氨基酸就开始出现终止子了，如果说这是假阳性的话，我觉得这假阳性的概率太高了，我想请教这种现象是怎么回事！之前我的筛选条件也算是比较严紧的了，所以我想是不是我的分析方法有问题？！另外，我想请教的是，您说“拿蛋白序列做一个蛋白空间结构的预测，看有没有转录因子元件”这个我还不太会！我们现在的愿望是筛到一个新蛋白，但是这种情况下我们也很茫然，对于这个新的蛋白要怎样着手进行分析，首先如何确认是个转录因子？请您指点。如果您方便，我的QQ653688175,想详细的向您请教一些问题，不胜感激！！

这种情况确实很奇怪。蓝斑率大概是多少？一共筛选到多少个克隆？希望楼主可能说得尽可以详细一些。

推荐一篇文章，不知你看过没有：
Eukaryotic Transcription Factors: Identification, Characterization and Functions
http://jn.nutrition.org/cgi/content/full/128/11/2045
http://jme.endocrinology-journals.org/cgi/content/abstract/24/2/203
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1402289

同时可以用 "transcription factor identification or confirmation or predication" 去检索一下相关文献。或者检索“yeast one-hybrid and transcription factor”。

tfscan: Scans DNA sequences for transcription factors

如果你解决了问题，欢迎回来谈谈你是怎么解决的。有奖励。

我当时做单杂时，涂了一百多块板，都是在三缺陷，30mM 3-AT的培养基上进行筛选的，开始筛选时，我是挑取板上的偏大的斑从新在SD/三缺+3-AT的培养基上划板，然后进行半乳糖苷酶显色，均为阳性的再进行菌落PCR，结果在进行PCR时，发现有的半乳糖苷酶显色阳性的菌落PCR后发现并没有插入片段，或者插入片段也很短，这种情况下，我又挑取了半乳糖苷酶显色阴性的菌落进行了PCR，发现有的有插入，而且有的很长，所以，我担心半乳糖苷酶检测会漏掉信息，所以我就在三缺陷+3-AT的培养基上挑取菌落直接进行PCR，然后找长度在700bp以上的插入拿去测序了，测序结果如我上面所述，有95%以上翻译的氨基酸不到几十个就开始出现终止子，而且比对了一下，有些是半乳糖苷酶显色阳性的。到目前，筛选了290个菌斑，菌落PCR鉴定有插入且长度在700以上的有三十多个，拿去测序的结果就这样。现在我想请教高人，帮忙分析一下问题出在何方？然后，我再继续筛选。感谢您的帮忙！感谢版主的支持！

我也很想知道原因！