【讨论】在蛋白水平和在基因水平表达不一致说明什么?
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如果用分子生物学对一蛋白在转录水平上是升高,在蛋白水平下降,说明什么问题?怎么解释?
1.首先证明你的实验做的没错。(你基因水平是怎么检测的,蛋白水平是怎么检测的)
2.你做基因水平时,做的是全转录本的检测,还是只检测了一小部分,比如3末端。
因为有一些基因会有多种转录本。
3.考虑一下是否有其他修饰,如甲基化,糖基化,以及3‘,5’端的增强子之类的。
我觉的问题出在1,2的可能性最大。
2.你做基因水平时,做的是全转录本的检测,还是只检测了一小部分,比如3末端。
因为有一些基因会有多种转录本。
3.考虑一下是否有其他修饰,如甲基化,糖基化,以及3‘,5’端的增强子之类的。
我觉的问题出在1,2的可能性最大。
是单纯的表达高低不对应呢还是确认转录水平在升高,蛋白在降低呢?
mRNA作为蛋白合成的模板,从其功能来看,转录的提高无非是为了合成更多的蛋白。
2楼说得对,比如你设计的引物特异性问题。
如果你是正确的话,还有一种可能是该蛋白降解非常快。呵呵
期待高手解答!
2楼说得对,比如你设计的引物特异性问题。
如果你是正确的话,还有一种可能是该蛋白降解非常快。呵呵
期待高手解答!
zjubell wrote:
2.你做基因水平时,做的是全转录本的检测,还是只检测了一小部分,比如3末端。
因为有一些基因会有多种转录本。
对这点,我补充说明一下。
基因由多个外显子和内含子组成,这个都知道的吧,而在转录时,
会将内含子除掉,将外显子连接起来,并在3末端加尾(一大串的A),5末端加冒。
比如该基因由ABCD这么4个外显子拼接的。而你的实验由于修饰或者其他作用,
使得C的表达在不同实验中出现意外,没表达。而你的引物只是设计在3末端,比如是D
结果检测发现D的表达量升高了,但这个蛋白由于C的缺失,而导致整个蛋白低表达甚至不表达。
见附录的图。跟我讲的虽然不是同一个东西,但原理类似。
由于C外显子的选择性表达,导致两种功能截然相反的蛋白的翻译。
虽然这种现象不多,但确实存在。
所以希望lz能提供更详细的说明,如果你RT做的是全转录本扩增。
蛋白检测也是正确无误的,那真的是有可能发现一种新的转录现象,
只要人家没发表过,你稍做一点进一步工作,应该能发表比较好的文章的。
这蛮有意思的哦
我想测某基因在某种肿瘤中的表达情况,但由于标本的限制,只能从蛋白水平检测了。如果蛋白水平存在高表达,我能证明该基因就是高表达吗?请大家答疑!非常感谢!
不能这样说,基因的表达存在一个应激高表达的问题,短时间内表达上调,但大部分基因在应激过后还会下降,但蛋白可能维持一个相对长时间的上调。当然这里面还存在一个不同物种同意基因的翻译效率问题,不过你的肿瘤应该都是针对人的,不存在上述问题,但不能武断地认为基因与蛋白的表达同步
还有可能存在转录后调控。
我也想补充一点。在实验做得正确的情况下,如果出现了这样的情况很有可能是存在转录后调控。如小RNA的调控。你可以把你的基因名字在小RNA预测网址上搜索一下看有无对应的小RNA,如果有,那么你可能发现了一个典型的小RNA调控的基因。
另外,现在的RealtimePCR检测可以验证小样本的mRNA水平的变化。
另外,现在的RealtimePCR检测可以验证小样本的mRNA水平的变化。
cmukiki wrote:
我想测某基因在某种肿瘤中的表达情况,但由于标本的限制,只能从蛋白水平检测了。如果蛋白水平存在高表达,我能证明该基因就是高表达吗?请大家答疑!非常感谢!
蛋白质作为基因功能的执行者。
基因是否高表达一般以蛋白质表达为“标准”。
xxshc wrote:
我也想补充一点。在实验做得正确的情况下,如果出现了这样的情况很有可能是存在转录后调控。如小RNA的调控。你可以把你的基因名字在小RNA预测网址上搜索一下看有无对应的小RNA,如果有,那么你可能发现了一个典型的小RNA调控的基因。
另外,现在的RealtimePCR检测可以验证小样本的mRNA水平的变化。
赞同转录后调控!
不过细胞如此聪明,应该不会让增量合成的mRNA给小RNA降解掉,这样有点感觉在做无用功啊!:):)
敬请拍砖!
我是个临床大夫,对分子生物学技术不是很熟悉,请问用蜡块可以检测DNA 或RNA吗?用什么方法?现在关于研究肿瘤治疗从哪些基因研究的比较多?多谢高手指教!
可以用组织切片做DNA提取!但是RNA就不清楚了!我觉得可能性不大。
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