看生物文献的一点小经验
互联网
9747
相关专题
文献阅读方法
最近在要看N多文献，要写报告，还得准备小论文，必须得把效率提高，找到适合自己的看文献的最好方法。
科研牛人一
（从 Ph.D到现在工作半年,发了12 篇paper, 7 篇first author.）我现在每天还保持读至少2-3 篇的文献的习惯.读文献有不同的读法.但最重要的自己总结概括这篇文献到底说了什么,否则就是白读,读的时候好像什么都明白,一合上就什么都不知道,这是 读文献的大忌,既浪费时间,最重要的是,没有养成良好的习惯,导致以后不愿意读文献。
1. 每次读完文献 (不管是细读还是粗读), 合上文献后,想想看,文章最重要的 take home message 是什么, 如果不知道,就从abstract,conclusion 里找, 并且从discuss 里最好确认一下. 这样一来, 一篇文章就过关了. take home message 其实都不会很多, 基本上是一些concepts, 如果你发现你需要记得很多,那往往是没有读到重点。
2. 扩充知识面的读法, 重点读introduction, 看人家提出的问题,以及目前的进展 类似的文章, 每天读一两篇,一个月内就基本上对这个领域的某个方向有个大概的了解.读好的review 也行, 但这样人容易懒惰。
3. 为了写文章的读法, 读文章的时候, 尤其是看discussion 的时候,看到好的英文句型, 最好有意识的记一下,看一下作者是谁,哪篇文章,哪个期刊, 这样以后照猫画虎写的时候,效率高些.比自己在那里半天琢磨出一个句子强的多. 当然,读的多,写的多,你需要记得句型就越少.其实很简单,有意识的去总结和记亿, 就不容易忘记。
科研牛人二
一、先看综述
先 读综述,可以更好地认识课题,知道已经做出什么，自己要做什么,,还有什么问题没有解决。对于国内文献一般批评的声音很多.但它是你迅速了解你的研究领域 的入口,在此之后,你再看外文文献会比一开始直接看外文文献理解的快得多。而国外的综述多为本学科的资深人士撰写，涉及范围广，可以让人事半功倍。
二、有针对地选择文献
针对你自己的方向,找相近的论文来读,从中理解文章中回答什么问题,通过哪些技术手段来证明,有哪些结论?从这些文章中,了解研究思路,逻辑推论,学习技术方法。
1. 关键词、主题词检索：
关键词、主题词一定要选好，这样，才能保证你所要的内容的全面。因为，换个主题词，可以有新的内容出现。
2. 检索某个学者：
查SCI,知道了某个在这个领域有建树的学者，找他近期发表的文章。
3. 参考综述检索：
如果有与自己课题相关或有切入点的综述，可以根据相应的参考文献找到那些原始的研究论文。
4. 注意文章的参考价值：
刊物的影响因子、文章的被引次数能反映文章的参考价值。但要注意引用这篇文章的其它文章是如何评价这篇文章的。
三、如何阅读文献
1. 注重摘要：摘要可以说是一个论文的窗口。多数文章看摘要，少数文章看全文。真正有用的全文并不多，过分追求全文是浪费，不可走极端。当然只看摘要也是不对 的。多数文章题目、摘要简单浏览后，直接把几个Figure 及Title 与legend 一看，一般能掌握大部分。
2. 通读全文：读第一遍的时候一定要认真，争取明白每句的大意，能不查字典最好先不查字典。因为读论文的目的并不是学英语，而是获取信息，查了字典以后思维会非常混乱，往往读完全文不知所谓。可以在读的过程中将生字标记，待通读全文后再查找其意思。
3. 归纳总结：较长的文章，容易遗忘。好在虽然论文的句子都长，但每段的句数并不多，可以每一段用一个词组标一个标题。
4. 确立句子的架构，抓住主题：读 英文原版文献有窍门的。我们每个单词都认识读完了却不知他在说什么，这是最大的问题。在阅读的时候一定要看到大量的关系连词，他们承上启下引领了全文。中 国人喜欢罗列事实，给出一个观点然后就是大量的事实，这也是中文文献的特点，我们从小都在读这样的文章，很适应。西方人的文献注重逻辑和推理，从头到尾是 非常严格的，就像GRE 里面的阅读是一样的，进行的是大量重复、新旧观点的支持和反驳，有严格的提纲，尤其是好的杂志体现得越突出。读每一段落都要找到他 的主题，往往是很容易的，大量的无用信息可以一带而过，节约你大量的宝贵时间和精力。
5. 增加阅读量：
由于刚刚接触这一领域，对许多问题还没有什么概念，读起来十分吃力，许多内容也读不懂。后来随着阅读量的增加，最后可以融汇贯通。所以，对新手而言，应当重视阅读文献的数量，积累多了，自然就由量变发展为质变了。
四．提高阅读的效率
1．集中时间看文献：
看文献的时间越分散，浪费时间越多。集中时间看更容易联系起来，形成整体印象。
2．做好记录和标记：
复印或打印的文献，直接用笔标记或批注。pdf 或html 格式的文献，可以用编辑器标亮或改变文字颜色。这是避免时间浪费的又一重要手段。否则等于没看。
3．阅读顺序：
根据阅读目的选择合适的顺序。一般先看abstract、introduction，然后看discussion，最后看result 和method（结合图表）。
五、文献的整理
1. 下载电子版文献时（caj，pdf，html），把文章题目粘贴为文件名（文件名不能有特殊符号）。
2. 不同主题存入不同文件夹。文件夹的题目要简短，如：PD，LTP,PKC，NO。
3. 看过的文献归入子文件夹，最起码要把有用的和没用的分开。
4. 重要文献根据重要程度在文件名前加001,002，003 编号，然后按名称排列图标，最重要的文献就排在最前了。而且重要文献要注意追踪。运气好，你可以得到更多的线索；运气不好，发现别人抢先了。据此修正你的实验。
六、英文文章写作 （阅读文献的副产品）
1. 平时阅读文献，注意总结常用句型和常用短语（注意，文献作者必须是以英文为母语者，文献内容要与你的专业有关）。
2. 找3-5 篇技术路线和统计方法与你的课题接近的文章，精读。
科研牛人三
本 人英语基础不好，没过六级，所以在硕士的时候基本上看的外文文献很少，现在想想很后悔，2 年的时间少学了很多东西。上了博士，自己给自己的定位也高一些 了，开始打算硬着头皮咬着牙很不情愿的也要多看些外文文献，一开始看比较慢，有些很难理解，到现在大约仔细阅读了100 篇外文文献，泛读了100 篇外文文 章，受益匪浅，现在基本不怎么看中文的了，确实也觉得外文的质量就是高（也有凑数的烂文章），现在自己写外文的也很顺手了。
谈几点自己的体会。我是材料专业的。
谈几点自己的体会。我是材料专业的。
1. 先找5 篇跟自己论文最相关的外文文章，花一个月的时间认认真真的看，反复看，要求全部读懂，不懂的地方可以和同学和老师交流一下。一个月以后你已经上路了。
2. 如何读标题：不要忽视一篇论文的标题，看完标题以后想想要是让你写你怎么用一句话来表达这个标题，根据标题推测一下作者论文可能是什么内容。有时候一句比较长的标题让你写，你可能还不会表达。下次你写的时候就可以借鉴了。
3. 如何读摘要：快速浏览一遍，这里主要介绍这篇文章做了些什么。也许初看起来不好理解，看不懂，这时候不要气馁，不管它往下看，等你看完这篇文章的时候也许 你都明白了。因为摘要写的很简洁，省略了很多前提和条件，在你第一眼看到摘要而不明白作者意图的时候看不懂是正常的。
4. 如何读引言（前言）：当你了解了你的研究领域的一些情况，看引言应该是一件很容易的事情了，都是介绍性的东西，写的应该都差不多，所以看文献多了以后看这部分的内容就很快了，一扫而过。有些老外写得很经典得句子要记下了，下次你写就可以用了。
5. 如何读材料及试验：当你文献看多了以后，这部分内容也很简单了，无非就是介绍试验方法，自己怎么做试验的。很快就能把它看完了吧。
6. 如何看试验结果：看结果这部分一定要结合结果中的图和表看，这样看的快。主要看懂试验的结果，体会作者的表达方法（例如作者用不同的句子结构描述一些数字的结果）。有时看完以后再想想：就这么一点结果，别人居然可以大篇幅的写这么多，要是我可能半页就说完了？
7. 如何看分析与讨论：这是一篇文章的重点，也是最花时间的。我一般把前面部分看完以后不急于看分析讨论。我会想要是我做出来这些结果我会怎么来写这部分分析 与讨论呢？然后慢慢看作者的分析与讨论，仔细体会作者观点，为我所用。当然有时候别人的观点比较新，分析比较深刻，偶尔看不懂也是情理之中。当你看的多 了，你肯定会看的越来越懂，自己的idea 越来越多。
8. 如何看结论：这个时候看结论就一目了然了，作后再反过去看看摘要，其实差不多。
9. 把下载的论文打印出来，根据与自己课题的相关性分三类，一类要精读，二类要泛读，三类要选择性的读。分别装订在一起。
10. 看完的文献千万不要丢在一边不管，3－4 个月一定要温习一遍，可以根据需要，对比自己的试验结果来看。
11. 学会记笔记，重要的结论，经典的句子，精巧的试验方案一定要记下来，供参考和学习。
12. 有些试验方法相同，结论不同的文献，可以批判性的阅读。我想要是你自己做试验多的话，你应该有这个能力判断谁的更对一点。出现试验方法相同，结论不同的原因有下：试验方法描述不详细，可能方法有差别；试验条件不一样；某些作者夸大结果，瞎编数据。
13. 有时间还是多看点文献吧，最好定个目标：在学术上超过自己的老板。因为老板一般不看文献，他们都是凭经验做事，很多新东西他们都不知道，慢慢的你老板会觉得你很厉害。反正我觉得多读了，读起来就快了，而且也会慢慢喜欢上看外文文献，收获自然也就多了。
算起来从05 年读研开始到现在也快三年的时间了。在这段时间里，实验做得不是很多，文献倒是读了不少。原因呢，可能是老板也发现了我这个人属于那种眼高手低的人，干脆 就让我做个文献阅读器了。从研一到现在每当老板脑子里出来一个想法，出来几个关键词，好了，下一步的工作就是交给我查阅和整理文献了。大家有空可以看看我 发在论坛里的几个ppt，关于光催化、无铅压电陶瓷，微波介质陶瓷，纳米ZnO，此外关于Raman 光谱、多铁性材料。。。算起来前前后后看过——当然只能说看过，因为大部分都只是走马观花，没有精读——的文献应该不下三四百篇了。我估计每个方向单拿出 来写个中文综述都差不多够了，可惜中文要版面费，想来老板也不会给出说了这么多废话，进入正题吧。有人也许会问，你是怎么看文献的，特别是一个以前没有接 触的陌生领域。我的方法是，先看中文综述，然后是中文博士论文，而后是英文综述，最后是英文期刊文献。这样做的好处是，通过中文综述，你可以首先了解这行 的基本名词，基本参量和常用的制备、表征方法。
我觉得这点很重要，因为如果直接英文上手的话，一些基本名词如果简单的想当然的翻译，往往会将你引入误区或造成歧义。同时中文综述里要包含了大量的英文参考文献，这就为后续的查找文献打下一个基础。
中文博士论文，特别是最近几年的，其第一章前言或是绪论所包含的信息量往往大于一篇综述的。因为它会更加详细的介绍该领域的背景以及相关理论知识，同时里面往往会提到国内外在本领域做得比较好的几个科研小组的相关研究方向。通过阅读就可以更清楚理清一个脉络。
英 文综述，特别是那种invited paper 或是发表在高if 期刊上的，往往都是本领域的牛人们写的。对此要精读，要分析其文章的构架，特别要关于作者对各个方向的优缺点的评价以及对缺点的改进和展望。通过精读一篇 好的英文综述，所获得的不只是对本领域现在发展状况的了解，同时也可以学会很多地道的英文表达。最后就是针对自己的课题查找阅读相关英文文献了。现在各大 学图书馆里面的数据库都比较全，即使没有也可以通过网络上多种手段获取文献了。所以说文献的获取不是问题，问题在于查什么样的文献和怎么具体阅读整理文献。
根据我的体会，我觉得有以下四类英文文献是我们所需要的：
根据我的体会，我觉得有以下四类英文文献是我们所需要的：
1. 本领域核心期刊的文献。不同的研究方向有不同的核心期刊，这里也不能一概唯if 论了。比如说陶瓷类的核心期刊美陶的IF 也不过1.5 几，但上面的文章特别是feature artical 还是值得仔细阅读的。当然，首先你要了解所研究的核心期刊有哪些，这个就要靠学长、老板或者网上战友的互相帮助了。
2. 本领域牛人或者主要课题组 的文献。每个领域都有几个所谓的领军人物，他们所从事的方向往往代表目前的发展主流。因此阅读这些组里的文献就可以把握目前的研究重点。这里有人可能要 问，我怎么知道谁是牛人呢？这里我个人有两个小方法。第一是在ISI 检索本领域的关键词，不要太多，这样你会查到很多文献，而后利用ISI 的refine 功能，就可以看到哪位作者发表的论文数量比较多，原则上一般发表论文数量较多的人和课题组就是这行里比较主要的了。还有一个方法，就是首先要了解本领域有 哪些比较规模大型的国际会议，而后登陆会议主办者的网站一般都能看到关于会议的invited speaker的名字，做为邀请报告的报告人一般来说都是在该行有头有脸的人物了，呵呵。
3. 高引用次数的文章。一般来说高引用次数（如果不是靠自引堆上去的话）文章都是比较经典的文章，要么思路比较好，要么材料性能比较好，同时其文笔应该也不赖的话。多读这样的文章，体会作者对文章结构的把握和图表分析的处理，相信可以从中领悟很多东西的。
4. 最后就是当你有了一定背景知识，开始做实验并准备写论文的时候需要看的文献了。我个人的经验是，首先要明确一点，你所做的实验想解决什么问题？是对原有材 料的改进还是创造一种新的材料或者是新的制备方法，还是采用新的表征手段或是计算方法。明确这一点后，就可以有的放矢查找你需要的文献了。而且往往当你找 到一篇与你研究方向相近的文章后，通过ISI 的反查，你可以找到引用它的文献和它引用的文献，从而建立一个文献树，更多的获取信息量。
此外，我想提到的一点就是关于文献的整理。很多时候大家下文献都是很盲目，抱着一种先下来再说的思想。往往下来的文献不少，但只是空占者磁盘空间。不经过整理归类的文献就不是自己的文献，那根据什么来分类呢？
我有一个比较简单实用的方法，适用于那些拥有大量未读文献的。就是只关心三点：文章的前言的最后一部分（一般这部分都是提出作者为什么要进行这项工作，依据和方法），文章中的图表（提出采用的表征方法以及性能变化）和结论（是否实现了既定目标以及是否需要改进）。当然，如果全部精读相信工作量也不小。我的看 法是尽可能用50 个字左右来归纳文章，说白了就是文章的目的（如改进某个性能或提出某种方法）＋表征手段（如XRD，IR，TEM 等）＋主要结论（如产物的性能）。当你按照这个方法归纳整理几十篇文献后，自然会有一个大致的了解，而后再根据你的笔记将文献分类整理，当你在写论文需要 解释引用时再回头精读，我觉得这样会提高效率不少。
科研牛人四
生命科学学院施一公老师的方法：学生如何提高专业英文阅读能力。
此文针对本科生和一、二年级的博士、硕士生，对高年级的博士生和博士后也应该有参考价值。从小到大，我感性思维多一些，不善于读书。85至89年在清华生物系读本科期间，从未读过任何一种英文专业期刊。我受到的与英文阅读相关的训练一共只有两个。一是我在1986年暑假期间选修的时任系主任的蒲慕明老师开设的《生物英语》系列讲座，隐隐约约记得蒲先生让我们阅读一些诸如DNA双螺旋发现之类的科普性英文文章，很有意思。但时间较短，暑假过后也没有养成读英文文章的习惯。二是《生物化学》这门课。与现在的清华生命学院形成鲜明对比，我上大学期间的所有基础课和专业课都是采用中文教材、中文讲课，只有郑昌学老师讲授的《生物化学》采用了Lehninger的《Principles of Biochemistry》，而且郑老师要求我们每个学生每次课后阅读10-20页教材。我们同学大多感觉到专业英文阅读有所提高。
1990年4月至7月初，我在依阿华州Ames小镇的Iowa State University度过了初到美国的前三个月，其中大部分时间在Herbert Fromm教授的实验室做轮转（rotation），跟随刘峰和董群夫妻两人做研究（刘峰现在University of Texas Health Science Center做教授）。当时感觉最困难的就是读专业论文。有一次，Fromm教授要求我在组会上讲解一篇《Journal of Biological Chemistry》的文章，我提前两天开始阅读，第一遍花了足足六个小时，许多生词只能依靠英汉词典，文章中的有些关键内容还没有完全读懂，当时的感觉是JBC的文章怎么这么长、这么难懂？！真有点苦不堪言。为了能给Fromm教授和师兄师姐留下好印象，第二天又花了好几个小时读第二遍，还做了总结。第三天我在组会上的表现总算没有给清华丢脸。但是，前前后后，真搞不清楚自己为了这一篇文章到底花了多少时间！
90年7月我转学到约翰霍普金斯大学以后，与本科来自北大的虞一华同在IPMB program。虞一华大我一岁，来巴尔地摩之前已经在夏威夷大学读了一年的研究生，对于科研论文的阅读比我强多了。他常常在IPMB的办公室里拿着《科学》和《自然》周刊津津有味地阅读，看得我很眼馋，也不理解其中那些枯燥的文章有什么意思。他告诉我：他在读很有意思的科学新闻。科学新闻能有什么意思？虞一华给我讲了好几个故事：洛克菲勒大学校长诺贝尔奖得主David Baltimore如何深陷泥潭、人类基因组测序如何争辩激烈、HIV病毒究竟是谁发现的，等等。我还真没有想到学术期刊上会有这么多我也应该看得懂的内容！从那时起，每一期新的《科学》和《自然》一到，我也开始尝试着阅读里面的新闻和研究进展介绍，这些内容往往出现在“News & Comment”“Research News”“News & Views”“Perspectives”等栏目，文笔平实，相对于专业的科研论文很容易读懂。有时，我还把读到的科研新闻讲给我的同事朋友们听，而同事的提问和互动对我又是更好的鼓励。除了《科学》和《自然》，我也常常翻看《科学美国人》(“Scientific American”)。
与《细胞》(Cell)、《生物化学期刊》（JBC）等非常专业的期刊不同，《科学》和《自然》里面有相当一部分内容是用来做科普教育的。《科学》周刊的“Perspectives”和《自然》周刊的“News & Views”栏目都是对重要科学论文的深入浅出的介绍，一般1-3页，读起来比较通俗易懂，较易入门。读完这些文章后，再读原始的科学论文，感觉好多了！而且可以把自己的体会与专家的分析比较一下，找找差距，有时甚至也能找回来一点自信！
从1998年在普林斯顿大学任职到现在清华大学做教授，我总是告诉自己实验室的所有年轻人（包括本科生、硕士生、博士生、博士后）下面这几点读科研论文的体会，也希望我的学生跟我学：
1．请每位学生每周关注《科学》和《自然》。（生命科学界的学生还应该留心《细胞》）。如果时间有限，每周花一个小时读读这两种周刊里的文章标题以及与自己研究领域相关的科研论文的abstract,即可！这样做可以保证一个学生基本上能够跟踪本领域最重要的发现和进展，同时开阔视野，大概知道其它领域的动态。
2．在时间充足的情况下，可以细读《科学》和《自然》里的新闻及科研论文。如果该科研论文有“News & Views”或“Perspectives”来介绍，请先读这些文章，这类导读的文章会提炼问题，就好比是老师事先给学生讲解一番论文的来龙去脉，对学生阅读原始论文有很大帮助。
3．在读具体的科研论文时，最重要的是了解文章的主线逻辑。文章中的所有Figures都是按照这个主线逻辑展开描述的。所以，我一般先读“introduction”部分，然后很快地看一遍Figures。大概知道这条主线之后，才一字一句地去读“results”和“discussion”。
4．当遇到一些实验或结果分析很晦涩难懂时，不必花太多时间深究，而力求一气把文章读完。也许你的问题在后面的内容中自然就有解答。这与听学术讲座非常相似！你如果想每个细节都听懂，留心每一个技术细节，那你听学术讲座不仅会很累，而且也许会为了深究一个小技术环节而影响了对整个讲座逻辑推理及核心结论的理解。
5．对个别重要的文章和自己领域内的科研论文，应该精读。对与自己课题相关的每一篇论文则必须字斟句酌地读。这些论文，不仅要完全读懂，理解每一个实验的细节、分析、结论，还必须联想到这些实验和结论对自己的课题的影响和启发，提出自己的观点。
6．科学论文的阅读水平是循序渐进的。每个人开始都会很吃力，所以你有这种感觉不要气馁。坚持很重要，你一定会渐入佳境。当你有问题时或有绝妙分析时，应该与师兄师姐或找导师讨论。
7．科研训练的一个重要组成部分就是科研论文的阅读。每一个博士生必须经过严格的科研论文阅读的训练。除了你自己的习惯性阅读外，你应该在研究生阶段选修以阅读分析专业文献为主的一至两门课，在实验室内也要有定期的科研论文讨论（Journal Club）。如果你的实验室还没有这种讨论，你们学生可以自发地组织起来。
8．前面几条都是讨论如何提高科研论文的阅读能力，但是一旦入了门，就要学会critical reading。不要迷信已发表的论文，哪怕是发表在非常好的期刊上。要时刻提醒自己：该论文逻辑是否严谨，数据是否可靠，实验证据是否支持结论，你是否能想出更好的实验，你是否可以在此论文的基础上提出新的重要问题？等等。
天外有天，读科研论文是一件很简单、但也很深奥的事情。一般的学生常常满足于读懂、读透一篇好的论文，优秀的学生则会举一反三、通过查找references纵深了解整个领域的历史、现状，并展望该领域未来的可能进展。
我从1990年对学术论文一窍不通到96年博士后期间的得心应手，还常常帮助同事分析，自以为水平了得。但是有一件事让我看到了自己的严重不足，颇为羞愧。1996年，是SMAD蛋白发现及TGF-b信号转导研究的最激动人心的一年，哈佛医学院的Whitman实验室在十月份的《自然》杂志上以“Article”的形式发表了一篇名为“A transcriptional partner for MAD proteins in TGF-b signaling”的文章。读完之后，正好遇到TGF-b领域的著名学者Joan Massague,我对Joan评论说：I’m not so sure why this paper deserves a full article in Nature. They just identified another Smad-interacting protein, and the data quality is mediocre. 完全出乎我的意料，Joan马上回应我：I disagree! This paper links the cytoplasmic Smad protein into the nucleus and identifies a transcription factor as its interacting protein. Now the TGF-bsignaling pathway is complete. It is a beautiful Nature article! 这件事对我触动极大：原来大师的视野和品位远远在我之上。从那以后，我也开始从整个领域的发展方面来权衡一篇文章的重要性，这件事对我今后为国际重要学术期刊审稿、自己实验室选择研究课题都起到了相当重要的作用。
如今，我阅读一篇本领域内的科研论文，非常顺利，而且常常可以看出一些作者没有想到或分析到的关键点。回想从前，感慨万千，感谢蒲慕明、郑昌学、虞一华、John Desjarlais、Jeremy Berg、Joan Massague等一批老师和同事对我的帮助。我很留心，也很用心。
希望所有的学生也能通过努力和坚持对英文科研论文的阅读得心应手！
