RFLP实验操作步骤
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基因组DNA(大于50 kb,分别来自不同的材料)。
电泳仪及电泳槽,照相用塑料盆5只,玻璃或塑料板(比胶块略大)4块,吸水纸若干,尼龙膜(依胶大小而定),滤纸,eppendorf管(0.5 ml)若干。
1. 限制性内切酶(BamHⅠ,EcoRⅠ,HindⅢ,XbaⅠ)及10×酶切缓冲液。
2. 5×TBE电泳缓冲液。
3. 变性液:0.5 mol/L NaOH,1.5 mol/L NaCl。
4. 中和液:1 mol/L Tris·Cl,pH7.5/1.5 mol/L NaCl。
5. 10×SSC。
6. 其它试剂:0.4 mol/L NaOH,0.2 mol/L Tris·Cl,pH7.5/2×SSC,ddH2O,Agarose0.8%,0.25 mol/L HCl。
(1)大片断DNA的提取详见基因组DNA提取实验,要求提取的DNA分子量大于50 kb,没有降解。
(2)在50 μl 反应体系中,进行酶切反应:
(3)轻微振荡,离心,37℃反应过夜。
2. Southern转移
(1)酶解的DNA经0.8%琼脂糖凝胶电泳(可18 V 过夜)后EB染色观察。
(2)将凝胶块浸没于0.25 mol/L HCl中脱嘌呤,10分钟。
(3)取出胶块,蒸馏水漂洗,转至变性液变性45分钟。经蒸馏水漂洗后转至中和液中和30分钟。
(4)预先将尼龙膜,滤纸浸入水中,再浸入10×SSC中,将一玻璃板架于盆中铺一层滤纸(桥)然后将胶块反转放置,盖上尼龙膜,上覆二层滤纸,再加盖吸水纸,压上半公斤重物,以10×SSC盐溶液吸印,维持18-24小时。也可用电转移或真空转移。
(5)取下尼龙膜,0.4 mol/L NaOH30秒,迅速转至0.2mol/LTris·Cl,pH7.5/2×SSC,溶液中,5分钟。
(6)将膜夹于2层滤纸内,80℃真空干燥2小时。