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PCR/RT-PCR疑难问题解答

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10029

1. 问题: RT-PCR 灵敏度:在琼脂糖凝胶分析中看到少量或没有 RT-PCR 产物。


可能原因:

1 ) RNA 被降解 ( 如何确定 RNA 是否被讲解,详见前 “ 植物 RNA 的提取 ” 。

建议解决方法:

在用来验证完整性之前先在变性胶上分析 RNA 使用良好的无污染技术分离 RNA ;在将组织从动物体取出后立刻处理在 100 %甲酰胺中储存 RNA ;如果使用胎盘 RNase 抑制剂,不要加热超过 45 ℃ 或 pH 超过 8.0 ,否则抑制剂或释放所有结合的 RNase 。而且,在 ≥0.8mM DTT 时加入 RNase 抑制剂,一定要存在 DTT 。

2 ) RNA 中包含逆转录抑制剂

建议解决方法:

通过乙醇沉淀 RNA 除去抑制剂。用 70 %( v/v )乙醇对 RNA 沉淀进行清洗。可以加入糖元( 0.25μg 到 0.4μg/μl )以帮助小量样品 RNA 的恢复。

逆转录抑制剂包括: SDS , EDTA ,甘油,焦磷酸钠, spermidine ,甲酰胺和胍盐。

将对照 RNA 同样品混合,同对照 RNA 反应比较产量以检验抑制剂。

3 )多糖同 RNA 共沉淀

建议解决方法:

使用氯化锂沉淀 RNA 以除去多糖。 自己的实验经验: 一般用乙酸钠就可以出去多糖,但是要用 70 %乙醇洗 2-3 次除盐。

4 )用于合成 cDNA 第一链合成的引物没有很好退火建议解决方法:

确定退火温度适合您的引物。对于随机六聚体,建议在反应温度保温之前先在 25 ℃ 保温 10 分钟。

对于基因特异性引物( GSP ),可以试一下其他 GSP ,或换用 oligo(dT) 或随机六聚体 . 确定 GSP 是反义序列。

5 )起始 RNA 量不够

建议解决方法:

增加 RNA 量。

对于< 50ng 的 RNA 样品,可以在第一链 cDNA 合成中使用 0.1μg 到 0.5μg 乙酰 BSA 。

6 ) RNA 模板二级结构太多

建议解决方法:

将 RNA 和引物在不含盐及缓冲液条件下变性 / 退火 . 提高逆转录反应温度,对 SuperScript Ⅱ 可以到 50 ℃ ,对 ThermoScript 可以到 65 ℃ 。

注意:不要在> 60 ℃ 时使用 oligo(dT) 引物,选择一个在反应温度可以退火的 GSP 。对于> 1kb 的 RT-PCR 产物,保持反应温度 ≤65℃ 。

注意:不要在高于 37 ℃ 时使用 M-MLV 。

如果不需要全长 cDNA ,在第一链反应中使用随机引物。

7 )引物或模板对残余的 RNA 模板敏感

建议解决方法:

在 PCR 前用 RNaseH 处理。

8 )靶序列在分析的组织中不表达

建议解决方法:

尝试其他靶序列或组织

9 ) PCR 没有起作用

建议解决方法:

对两步法 RT-PCR ,不要在 PCR 步骤中使用超过 1/5 的逆转录反应产物。

2. 问题: PCR 灵敏度:在琼脂糖凝胶分析中看到少量或没有 RT-PCR 产物。

可能原因:

1 ) PCR 引物设计较差

建议解决方法:

避免在引物 3' 端含有互补序列。避免可以形成内部发卡结构的序列。设计 Tm 类似的引物。

2 ) DNA 含有抑制剂

建议解决方法:

诸如 DMSO , SDS 和甲酰胺之类的试剂会抑制 Taq DNA 聚合酶。如果怀疑污染了抑制剂,可以使用乙醇沉淀 DNA 。

3 )富含 GC 的模板

建议解决方法:

对于 GC 含量> 50 %的模板,使用 PCRx Enhancer Solution 。

4 )模板浓度太低

建议解决方法:

使用 104 拷贝的靶序列,以在 25 到 30 个循环中获得信号。

5 )镁离子浓度太低

建议解决方法:

从 1mM 到 3mM ,间隔 0.5mM 进行一系列反应,确定对于每个模板和引物对的最佳镁离子浓度。注意:对实时定量 PCR ,使用 3mM 到 5mM 的镁离子浓度。

6 )退火温度太高

建议解决方法:

使用表 4 的公式估算 Tm ,把退火温度设定为低于 Tm 5℃ 。因为这些公式只是估算 Tm 值,所有真正的退火温度实际会高些或低些。

7 )引物浓度太低

建议解决方法:

最佳引物浓度介于 0.1μM 到 0.5μM 之间。为了精确确定引物浓度,在 260nm 测量光密度,然后使用光吸收值和消光系数计算浓度。

3. 问题: RT-PCR 特异性:在琼脂糖凝胶分析中观察到非预期条带。

可能原因:

1 )物和模板非特异性退火

建议解决方法:

在第一链合成中使用 GSP ,而不是随机引物或 oligo(dT) 。

试用允许高温 cDNA 合成的 GSP 。

2 ) GSP 设计较差

建议解决方法:

遵循用于扩增引物设计的同样原则

3 ) RNA 中沾染了基因组 DNA 建议解决方法:

使用扩增级 DNase Ⅰ 处理 RNA 。使用没有逆转录的对照反应检测 DNA 污染。

4. 问题: PCR 特异性:在琼脂糖凝胶分析中观察到非预期条带。

可能原因:

1 )形成引物二聚体

建议解决方法:

设计在 3' 端没有互补序列的引物。

2 )引物和模板非特异性退火

建议解决方法:

以 2 ℃ 到 5 ℃ 间隔增加退火温度,减少退火时间。

在开始几个循环使用较高的退火温度,然后使用较低的退火温度。

使用 Platinum Taq DNA 进行自动热启动 PCR 。

避免在引物 3' 端含有 2 到 3 个 dG 或 dC 。

3 )镁离子浓度太高

建议解决方法:

对于每一个模板和引物组合优化镁离子浓度。

4 )因为扩增复杂模板导致引物错误起始

建议解决方法:

使用巢式 PCR 或递减 PCR 。

5 )沾染外源 DNA 建议解决方法:

使用抗气雾剂的 tip 和 UDG 。

6 )因为二级结构导致引物结合位点无法接近

建议解决方法:

对于 GC 含量> 50 %的模板,使用( 1×-3× ) PCRx Enhancer Solution 。

5. 问题: PCR 忠实性: PCR 在产物序列中引入了错误可能原因:

1 )聚合酶忠实性低

建议解决方法:

使用带有校正活性的热稳定聚合酶,如 Platinum Pfx DNA 聚合酶。

2 )循环数太多

建议解决方法:

降低循环数。

3 )四种 dNTP 的浓度不同

建议解决方法:

制备新的 dNTP 混合物,保证四种核苷浓度相同。使用预混合物

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