胶DNA片段回收方法全攻略
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胶回收方法全攻略
说到电泳凝胶的片断回收，想来在实验室久已的“老手”们都会不屑一顾。确实，一般在各个和分子 生物学沾到一点边儿的实验室里，从琼脂 糖凝胶中回收DNA，仅仅是一种简单不过的常规实验操作。虽说早期的凝胶电泳 片断回收没有1—2个小时是搞不定的，每个实验室也有自己的独门秘诀，可后来各大品牌纷纷推出了了多种不同用途，不同价钱的快速凝胶回收试剂盒，一下子将胶回收的时间缩短到10多分钟，操作也大大简化，胶回收就变成“小菜一碟”了。
然而，从bbs逛上一圈下来，发现实际上还是有不少人为胶回收这种看似简单的操作而烦恼。到底是什么导致了实验新手，甚至是老手在这个已经发展近40年的常规性实验中卡壳?由于胶回收的质量和数量直接影响后继的一系列实验——比如酶切连接、转化筛选、测序 或者PCR 扩增、标记乃至显微注射等等，为大家搜罗各种产品和方法的优缺点，注意事项，做一个胶回收全攻略篇。
一、胶回收的关键参数
胶回收的质量直接影响后继实验的成功与否。要想做好胶回收，无论是自己亲力亲为还是借助目前五花八门的胶回收试剂，最基本的评定标准无外乎这么几个:质量( 回收产物的纯度和浓度)，回收效率，操作方便(速度)，柱子的载量等等。
回收产物质量：回收产物的质量主要指纯度。常规电泳过程中，普通级别的琼脂糖自带的一些性状不明的多糖，会连同DNA一起从凝胶中抽提出来，会强烈抑制后继的连接、酶切、或者标记、扩增等实验。从凝胶中回收DNA片断，产物的纯度自然是我们考虑的第一要务。对于大片断DNA回收，质量还包括了产物的完整与否，如果机械剪切力使得回收产物大小不一致，后果决不是你希望碰见的。而对于较小片断回收，质量其实还包括了回收产物的浓度。
因为产物浓度太小，对后继实验同样也有影响，比如连接、标记实验等等就很不爽，往往不得不再浓缩一次，增加了操作的复杂性。此外，极微量的纯化介质或者是某些试剂混入回收产物中也会对结果产生致命的影响。
回收率：回收得率，是我们考虑的另一个重要参数。由于上电泳的样品量通常都很少，电泳的过程本身也会导致样品的分散和损失，因而尽可能多的回收电泳凝胶条带中的目的片断，提高产物得率，对于后继实验来说是非常重要的。回收率的多少通常和回收产物的大小以及量的多少有关，比如DNA片断越大，和固相基质的结合力越强，就越难洗脱，回收率就低;又比如说，DNA的量越少，相对损失越大，回收率越低。因此，根据情况选择不同的方法是很重要的。值得注意的是，由于样品的大小和多少对回收率都有显著的影响，所以回收率并非是一成不变的。
其他：操作方面，相信大家都会比较喜欢操作简单，快速，应用起来方便的方法或者产品。比如溶胶的缓冲液中添加指示剂，可以指示溶胶的溶液pH值就是很方便的设计;离心过柱就比离心沉淀要简单方便。载量，就是每次回收最多能回收的产物的量。这个自然是越大越好了，因为对于纯化柱或者一定量的纯化介质，过量的产物吸附不了就是被浪费掉的。难免有时你需要回收比较大量的产物，大载量就很有优势——同一个片断你要用2个柱子，多郁闷啊。
二：胶回收方法和分类
20世纪70年代是一个奠定现代分子生物学的时代，1973年冷泉港实验室的Joseph Sambrook和Phillip Sharp发明了利用琼脂糖凝胶分离DNA和EB染料观测DNA相结合的技术。现在，琼脂糖和聚丙烯酰胺 凝胶电泳是分离、鉴定和纯化核酸和蛋白质片断的标准方法。生物通将在后面另文讨论聚丙烯酰胺 凝胶电泳片断
回收的方法，这里首先介绍的是琼脂糖凝胶电泳片断回收的常用方法：
1.柱回收试剂盒：可谓目前最简单快速的回收方法，只需要将电泳凝胶中的产物条带切下，用溶解Buffer彻底溶解，上包埋有纯化填料的纯化柱，离心，再洗涤一次，离心后用洗脱缓冲液洗脱。全程不过10多分钟，得到的产物溶液可以直接用于后继实验。这个方法几乎不需要什么技巧 就能得到稳定的结果，也是目前最多商品化试剂盒选择的方法。但是这个方法不适合用于大片断的回收。
2.玻璃奶/纯化填料胶回收试剂盒：这个方法比前面的方法更为灵活，可以根据每次回收实验时预期回收量来调整纯化填料的量，使得实验不受限于柱子的载量，也不会造成浪费。前面的操作步骤和上者一样，将电泳凝胶的条带切下，Buffer溶解，(区别在于这里)加入纯化填料填料吸附混合，快速离心沉淀去上清，洗涤沉淀后，干燥沉淀，最后用洗脱液纯化介质中吸附的片断释放出来，离心，取上清，就是回收的产物。
这个方法适合各种不同大小的片断，特别是大片断的回收，但是操作就较前者复杂一些，涉及到多次离心沉淀和取上清，有可能会误吸了微量的沉淀;另外干燥的程度也有点技巧，干过了不好洗脱，没干透又影响结果。后来的改进版本有将混合了纯化介质后的凝胶溶解液加入到一种离心过滤柱上，这种柱子不带纯化填料，只有一层过滤膜，离心过滤后，填料在柱子里，溶液被甩掉，这样就避免了上述的问题。
3.低熔点琼脂糖：传统手工操作方法之一，低熔点琼脂糖制备凝胶，电泳后切割目的条带，在TE溶液中65度保温融化，用传统的酚氯仿抽提，乙醇沉淀。这个方法需要用到酚氯仿等有机试剂，由于乙醇沉淀需时较长，现在用的人已经不多了。想当年经费紧张的时候，低熔点琼脂糖贵，不舍得这么浪费的，比较取巧省钱的法子就是常规琼脂糖电泳后，在目的条带前方挖槽，灌入低熔点琼脂糖，凝胶后再电泳一小会儿，等条带进入低熔点琼脂糖区域再将那块家伙切出来，就可以非常非常节约了。
除了直接酚抽低熔点琼脂糖凝胶，还有人用琼脂糖酶来消化琼脂糖凝胶，条件也相当温和，只是那酶价格并不便宜(光那酶的成本就少5-6块，还不算其他的麻烦事)，多数的酶只适合用低熔点琼脂糖，问题是我不用酶也可以直接酚抽，费时间还特长，所以，并不觉得特别好用。后来据说T家的琼脂糖酶可以用于常规琼脂糖，前提是你有办法在65度把那胶化了。但那需要极好的耐心。我们后面会有介绍。
后来有老师从美国回来了，才有机会尝试更好的低熔点琼脂糖——FMC(现在叫做Cambrex了)的GTG级别低熔点琼脂糖!那才是最简单的方法呀!洗的超级干净的电泳槽 灌胶，电泳后，直接将条带切下65度保温融化，就可以直接在融化的琼脂糖—DNA混合物中加酶进行后继实验——所谓的GTG就是遗传技术级，可以在凝胶中进行各种酶反应的哦!实验条件非常温和，非常适合大片断的回收。
4.透析带电洗脱法。烦，简直不堪回首。切下的条带放在充满TAE的透析带中再电泳一段时间，让DNA走出凝胶，走向溶液中，再反向电泳一会儿，将附在透析带上的DNA赶回溶液中，取溶液部分，再用TAE洗洗袋子，合并溶液后传统方法酚抽沉淀，那块胶通常还要再染色看看残留。
由于绑透析带非常难搞，只有在万不得已的非常大的片断时才会考虑的。也是丙烯酰胺电泳凝胶产物回收的方法之一。后来看到以色列的一个小公司GeBA有出简易透析管(生物通早在02年就有新技术专栏文章介绍的)，就是将小指管两边各开一小窗，贴上透析膜，把胶块放在管中再电泳。由于不需要绑透析带，使用方便;而且管中溶液体积小，容易处理;膜的面积也小吸附也少;顿时觉得是救星。后来貌似Pierce也推出了类似的东西，买起来更方便一点。
5.DEAE纤维素膜纸片法和其他改良法。早期实验室最常用方法之一。将DEAE纤维素膜裁成小条活化处理。电泳后在目的条带前切一刀，将比条带略宽的DEAE纤维素膜插入切口，不留气泡，继续电泳一会儿，条带上的DNA被膜片截留，取出膜片冲洗后转移到离心管中加缓冲液65度保温洗脱，直到膜上没有DNA了，将溶液用酚氯仿抽提沉淀。这个方法不适合做较大的DNA，因为洗脱比较困难。
曾经常用的另一方法是在电泳胶前挖小槽，加入缓冲液，电泳一小会儿，手提紫外监视，等条带进入槽中，还没在另一头上岸时停止电泳，吸出溶液酚氯仿抽提(加点甘油可降低DNA在溶液中的移动速度，防止那边还没全部下水，这边就已经上岸了的情况。当然也可以挖大点的孔或者多吸几次，反正是要沉淀的，体积大些不要紧)。不过这些方法在柱回收试剂盒推出后都渐渐要淘汰了。
毕竟比较麻烦费时间，而且回收的产物纯度也不比试剂盒——前者是纯化介质吸附DNA后彻底除去溶液，经过洗涤残留在纯化介质上的杂质，最后洗脱;手工的方法多是用酚氯仿抽提溶液后乙醇沉淀，由于有些多糖沉淀属性和DNA相似时就容易共沉淀下来。鉴于竞争的日趋激烈,纯化试剂价格逐渐向下,连核酸纯化领域的顶级名牌Qiagen也开始大幅度的折扣优惠,所以,有条件还是选择试剂盒,比自己慢慢摸索要更能节约宝贵的青春。所以，这里准备将回收片断按照大小不同来分别介绍不同用途的产品：
常规片断级(DNA片段为100bp-10kb)：主流方法是柱回收试剂盒
大片段级(DNA片段>7kb)：可选方法是玻璃奶/纯化填料胶回收试剂盒，电洗脱
小片段级(DNA片段<100bp)：柱回收试剂盒
三、常规片断级的选择指南：所谓常规级，即回收片段大小介于100bp和10kb之间，在这个范畴内包含了
一般的质粒 或者克隆 片段的回收。主流方法是柱回收试剂盒。
1. Qiaquick Gel Extraction Kit
品牌：Qiagen
回收范围：70bp-10kb
推荐指数：
价格指数：(50包装1,350，250包装6,372，约27元/反应，现有半价活动，价格非常
可亲!)
特点：
. 高达80%回收率
. 操作快速简单，3步完成70bp-10kb片段的回收
. 提供三色指示剂的电泳上样loading Buffer,方便判断和操作
. 回收产物纯度高，可用于同位素或荧光测序、芯片分析、连接转化、酶切、标记、PCR、显微注
射、体外转录 等后继实验
使用心得：
Qiaquick最引以为傲的就是非常稳定的质量，高回收率和方便的步骤。产品质量的稳定可靠，一向是实验首要条件。毕竟，实验步骤是环环相扣的，每一步出现问题都会导致后患无穷，费时费力，还更费钱，对心情更是一种折磨。用试剂盒不就图省事和可靠吗?从核酸纯化领域起步的Qiagen，在全球实验室都享有极好的口碑，是值得信赖的选择。因为Qiagen有强大的研发队伍，精益求精优化实验操作的每一环节，绝非普通临摹制品、仿制品可比。以回收率为例，我们前面提到，由于样品的大小和多少对回收率都有显著的影响，所以回收率并非是一成不变的。所以Qiagen以严谨的态度提供多种条件下的详细介绍：使用QIAquick回收之前和回收之后再混合的DNA片段 (大小已指出) 。对所有尺寸的片段均获得了接近80%的回收率。
A 1–5: 回收之前; P: 回收之后再混合。样品使用 1.5% 琼脂糖凝胶分析(TAE buffer)。
B 1–3: 回收之前; P: 回收之后混合。样品于 3.5% 高分辨琼脂糖凝胶上分析( TAE buffer)。M: pTZ-HinfI marker。
记得《分子克隆II》里曾经说少于500ng的DNA几乎没有回收价值，看看上表就可以发现，现在的技术发展，即使是少到100ng的DNA还有70%的回收率呢!而且操作方法还很简单。虽然是几乎不需要实验技巧的简单操作，如果你注意到一些小技巧 还是很有帮助的。DNA回收纯度取决于纯化介质对DNA吸附的特异性、洗涤杂质是否彻底。而DNA回收率和浓度则与elution buffer的体积，以及buffer在柱子上停留的时间有关。
较大的洗脱体积可以提高回收率，充分洗脱，但是会造成产物浓度太低不好用。比如100-200ul的洗脱液可以彻底洗脱纯化柱吸附的DNA，不过考虑到后继实验的方便，Qiaquick建议使用50ul的洗涤液，正对加入膜中央(避免加在管壁上而不能充分接触纯化介质)，可以完全浸润回收柱上的纯化膜。最低建议采用30ul洗脱液，但是可能会降低回收率。有人试过用15—25ul洗脱2次，觉得这样第一次浓度高第二次比较充分，其实没有必要，只要适当延长在柱上停留的时间，就有助于提高得率——Qiagen的Protocol说明，30ul停留1分钟要比50ul停留1分钟回收浓度高1.7倍。
充分离心(保证速度和时间)有助于提高得率和纯度，减少残留对后继实验的影响(这个方法要注意不是所有试剂盒都可以使用，因为有些试剂盒的纯化柱填料松一些，离心有时可能导致少量填料脱落，而Qiagen的这个产品是膜式的，结合非常牢固，据生物通线报，中大有人用这个柱子高温消毒后重复使用，效果不赖，可见皮实。当然这是厂家绝对不推荐的)。
其他的技巧也是大家熟知的，比如切胶的时候要尽量减少切胶体积(不超过400mg)，由于Qiaquick柱子的载量达到10ug，如果胶块实在太大而预期DNA总量不超过10ug，可以用大一点的管溶解，分几次上柱离心吸附后再洗涤。注意的是紫外照射时间不要太长，因为紫外线对DNA(特别是对于较大的片段)有影响。还有就是溶胶要彻底，用枪头把胶块弄碎一点有助于50度下快速溶解。溶解完全后溶液的颜色指示溶液的pH值，如果变色需要调pH值以防止实验失败。
需要用ddH2O或者TE洗脱的，注意pH在7.0—8.5之间的回收率最高。回收率和片断大小、多少有关，较大的片断(7kb以上)回收率会有所降低，洗脱液预热到50度再加入纯化柱膜中央，有助于提高产率。
除了比较适合个人使用的传统离心式，Qiagen还提供抽滤式的胶回收试剂盒，用抽滤的方法替代离心，使得实验可以连续进行，特别适合批量进行的需要——想象看，你只要将溶胶液加入装配好的抽滤管中，哗一下就抽干了，再加洗涤的试剂，哗一下又好了，多快呀!节约很多时间和功夫，不需要在离心机 前面拿进拿出。以后的全自动操作模式就是这样的啦!
看到这里可能大家都会说Qiagen的东西好是好，但是就是贵，一般的实验室都舍不得平时用，往往留着关键时刻做，不错，好东西自然不便宜，不过想要吃到便宜的午餐也不是不可能.
2.MinElute Gel Extraction Kit
品牌：Qiagen
回收范围：70bp-4kb
推荐指数：
价格指数：(50包装1,485，约29元/反应，现生物通有半价活动哦)
特点：
. 洗涤体积只要10ul，回收产物浓度高，方便后继实验
. 使用方便快捷(wash-and-spin)
. 高回收率
. 回收产物纯度高，可用于同位素或荧光测序、芯片分析、连接转化、酶切、标记、PCR、显微注
射、体外转录等后继实验
使用心得：
如果要回收片断量本来就很少，比如只有几十个ng，用常规的试剂盒洗脱得到将近50ul的产物，连接反应就很难做——要不体积很大，要不会觉得浓度太低。如果是用来做显微注射、标记等实验就更难受，只能再浓缩一次，不但麻烦，多一次操作也会导致产物进一步的损耗。这一点，就是快速的柱回收试剂盒比传统方法不如的地方，因为传统方法得到沉淀后可以按照需要溶解得到自己需要的浓度，柱回收就不行。MinElute就是为这个需要而诞生的。
MinElute胶回收试剂盒是基于一种特殊的Silica gel menbrane的膜技术，能在高盐浓度的条件下迅速吸附DNA，在低盐或者纯水条件下释放DNA，只要短短几分钟，就能彻底除去包括引物、核苷酸 、酶、矿物油、盐、琼脂糖、EB以及其它杂质，和以前QIAGEN的Silica gel menbrane有所不同的是，它要求的洗脱体积非常小，只要10ul(当然这更要注意让洗脱液加在膜上)，纯化的DNA是高度浓缩的，回收率在80%以上。这样就非常适合用于后继实验操作，不需要再浓缩一次。
MinElute为了确保高质量和高回收率，利用了特殊的binding buffer，这种缓冲液是特别设计和优化了的，可以增加DNA分子特异性吸收，减少杂质，不过也带来了一个问题，那就是导致MinElute的DNA吸附范围是70bp到4kb，而不是以往的10kb，因此4kb以上的只能用Qiagen的Qiaquick或其它产品了，而10kb以上就该用QIAEX II系列。此外MinElute柱子的载量是5ug，毕竟洗脱体积这么小。
体积小则小矣，可是质量并不含糊，回收的产物可以用于PCR、克隆、标记、测序、体外转录等后继实验，也同样可以用于显微注射、芯片分析等要求非常严格的实验。你尽管可以说，我又不需要做那些严格实验，我就克隆PCR什么的就够了，哪儿要那么纯——然而你也不能否认这本来就是一种质量可靠的信心保证。
特别是当遇到特价活动的时候，你还犹豫什么呢。除了以上几个方面，MinElute系列产品正如Qiagen其它产品一样：讲究精确完美，注重细节品质。MinElute有三种上样Buffer染料颜色(青、蓝和黄)，方便样品分析，并且也包含pH目测指示染料，可以在溶胶的时候帮助指示实验错误(pH值对胶回收影响较大，见下)——错误的颜色代表了凝胶Buffer重复使用等实验配置不当导致的不正确化合物，这种情况可通过醋酸钠进行调整。
3. Promega Wizard SV Gel and PCR Clean-up System
品牌：Promega
回收范围：100bp-10kb
推荐指数：
价格指数：(50次包装的试剂盒报价为562元，11元/次，折扣前)
Promega的产品在进口品牌中一向以价格可亲而著称。这个胶回收试剂盒也不例外。并且惊喜的发现这个试剂盒的性能参数好得令人刮目相看!首先是100bp—10kb的回收率高达80%—95%(用于PCR产物回收时适用于100bp—3.2kb的片断);然后是每个柱子的载量高达40ug!低至10ng。可以容纳更多的DNA，满足一次大量片断回收的需求。另外，试剂盒推荐的洗脱体积是50ul，但是如果需要浓度高的回收产物，也可以用不少于15ul的纯水洗脱，而且回收率也不会有太大的影响。
回收产物可用于测序、克隆、标记、酶切、体外转录和芯片分析等后继实验。操作也同样非常简单，无非是溶胶吸附、洗涤柱子，最后洗脱。这样，一个试剂盒兼具了多种优点，加上价格相宜，实在是进口产品中的性价比之王。特别是大到9kb的片断，回收率可以达到95%是难得的。
这个试剂盒使用中值得注意的几个小技巧，比如如果凝胶体积大于350mg，可以分次离心(一个柱子最多可以过相当于3.5g凝胶!就是吸附10次!)，而且离心前要让溶胶液在柱子上静置1分钟让其充分吸附。对于超过5kb的片断，溶胶的时候不要振荡，胶较浓的时候溶胶时间要延长保证充分溶解。洗涤2次有助于得到更干净的产物。
4、Montage Gel Extraction Kit
品牌：millipore .html' target='_blank'>Millipore
回收范围：100bp-10kb
推荐指数：
价格指数：
特点：
. 时间短：10分钟spin
. DNA保存完整
. 试剂盒包括做为过滤装置的凝胶喷雾器(nbulizer)、离心瓶和TAE gel extraction buffer
使用心得：
这一款胶回收试剂盒不同于之前提到的凝胶回收方法——Montage利用的是从凝胶中抽取(compression)DNA片段的方法：通过离心力解离凝胶的结构，驱使琼脂糖在gel nebulizer中穿过小孔，这样形成的胶泥就被甩进样品过滤盖中。因此无需其它多余的操作，直接将切下来的凝胶放进去，经过5000g/10min，即可得到回收DNA片段(见下)。
回收率见下：
Typical DNA Recoveries from Agarose Gels
DNA Size (bp)
Percent DNA Recoveries
100
78
700
71
1000
77
2027
47
4361
35
9416
32
23130
29
Millipore先进的膜技术使得Millipore纯化系列其实在自动化高通量 领域有相当好的口碑，价格实惠质量可靠。
4.经济实惠的国产之选
在普通级胶回收中应该提及的是一些国产品牌，毕竟在现今胶回收技术成熟并得到了广泛应用的基础上，一些国产品牌也提供了经济实惠的胶回收试剂盒，比如天根，杭州维特洁，深圳天地人，等等。低廉的价格，使得平时用起来也挥洒自如不心疼，如果说进口产品打开的实验自由化之门，那么跟进的国产产品则实实在在让国内科研经费紧张的实验室也能分享简化实验的快乐，穷人的孩子也有春天。在国内，价格还是最有杀伤力的。天为时代已经被Qiagen收购并改名天根，而在国产品牌中口碑很好的维特洁也被Axygen收购。生物通在这里列举了部分国产产品的对比，当然，要注意参数是厂家提供的，标准有差别的。
品牌
天根(天为时代)杭州维特洁(已被Axygen收购)深圳天地人Omega
产品
普通琼脂糖凝胶回收试剂盒
AxyPrep DNA凝胶回收试剂盒小量胶回收试剂盒琼脂糖凝胶回收试剂盒
回收片段大小
100bp-10kb
75bp-10kb
50bp-20kb
回收率
>80%(100 bp的
DNA片段回收率为
50 %以上)
60—85%(根据长度不
同)
85%
产品描述
可以高效、专一结合DNA的硅基质材料和独特的缓冲液系统，从TAE或TBE琼脂糖凝胶上回收DNA片段，同时除去蛋白质、其它有机化合物、无机盐离子及寡核苷酸引物等杂质。采用优化的试剂和方便的DNA制备管，适合从各种电泳凝胶(TAE或TBE)中提取多至8 ug线性DNA。独特的缓冲液体系，在保证凝胶完全融化的同时，防止了DNA片段的损坏和降解。纯化后的DNA保持完整的生物活性，适用于多种用途:如连接、体外转录、PCR、测序、微注射等分子生物学研究。应用: 酶切,连接,PCR等用途样品: 从琼脂糖凝胶中回收DNA片段
时间: 15分钟
结合能力:25μg
洗脱体积:30-50μ
价格
50包装270元
200包装980元
约5元/反应
50包装350元
250包装1570元
约7元/反应
50包装160元
100包装240元
200包装380元
500包装750元
约3元/反应
50包装299
200包装1100
约6元/反应
(Q-spin)
大片段级：指的是片段大小超过10kb的DNA片断，由于越长的DNA分子和纯化膜的结合力越强，洗脱力越差，在离心过柱时可能被“扯断”，因此常规的离心过柱的方法并不适合对付这些大家伙。在凝胶电泳的大片断回收，特别是几十kb的大片断，经典方法是生物通前文提到的电洗脱。此外，低熔点琼脂糖和琼脂糖酶消化也是常常有人选用的方法，新兴的方法是用玻璃奶或者纯化填料，生物通在此一并介绍。
其实无论用什么方法，在回收大片断时一定要牢记你对付的是大片断，操作时一定要小心注意，粗暴的操作，最后结果也是自己来承受的。这些方法中，速度最快的就是玻璃奶或者纯化填料珠的试剂盒了。毕竟，谁愿意为一个小小的胶回收浪费2个多小时呢?有那功夫干点别的不好?我最早用的其实是当时的Pharmacia(后来改为Amersham，现在是GE Healthcare Life Science s)的一个玻璃奶(Glassmilk)试剂盒。现在记得Glassmilk的人应该不多了，在当时却是我们眼中的神奇宝贝——半个多小时就可以完成本来要搞2个多小时的活：溶胶液溶胶后，加入10ul混匀的玻璃奶溶液，混匀静置吸附后，离心去上清，再清洗1—2次，干燥，最后用洗脱液洗脱，离心取上清即可。
1.QIAEX II
产地：Qiagen
回收范围：40bp-50kb
推荐指数：
价格指数：(150次反应2,106，500包装4,860，约14元/反应，半价活动开始以来，这个试剂盒的
性价比就很高啦)
特点：
. 通用性高：一般或者低熔点琼脂糖凝胶，TAE或TBE，以及聚丙烯酰胺凝胶
. 无NaI干扰后续实验
. 大片段DNA保存较好，不会被剪切
使用心得：
这个试剂盒不同于Qiagen其它的胶回收试剂盒，利用的是配合高离液盐(chaotropic salt)的silica-gelparticles，因此QiaEX可以从盐，琼脂糖凝胶，聚丙烯酰胺凝胶，染料，蛋白以及核苷酸中无需苯酚抽提或者酒精沉淀即可获得纯化DNA片段。这个试剂盒使用方法和玻璃奶的试剂盒基本一样，区别在于玻璃奶是粉碎的玻璃，因此可能存在大小不一、边缘尖锐等情况，在离心力下，大小不同的碎片的沉降系数不同而导致在沉淀中分布位置不同，当长片断一头粘附在大片断一头吸附在小片断上，离心产生的剪切力就会导致长片断的断裂。而QiaEX的纯化填料是人工特制的大小均一的球形小珠(Beads)，能更好的吸附DNA，也不易产生上述的剪切力问题，使得回收的大片断DNA更为完整。
无论是玻璃奶还是纯化填料，比起过柱的方法，优点在于适用于较大范围的DNA回收，从小片断到超级大片断都可以，适用范围广;而且每次反应可以根据估算的待回收DNA的量来放大或者缩小纯化试剂的量，比较灵活。比如QIAEX说是150反应(每次5ug)，实际上往往可以用200多次或者更多。但是这个方法的问题有2个，一个是比较麻烦，需要一定操作经验——无论是清洗或者是最后的洗脱，离心后要尽量多取上清而不干扰沉淀，多少有点点难度，特别是最后取洗脱的DNA，要舍得放弃最后那点上清，免得回收产物中混入了纯化介质，在后面的实验中得不偿失。
所以，你可以从此想象，由于每次离心沉淀后沉淀是浸在上清溶液中的，去除始终不彻底，这就注定了这个方法纯化的产物纯度不如离心高，回收率也不如那么高。你看，QIAEX说这个回收产物可用于酶切、连接、标记和PCR，但是就没有提到显微注射芯片分析等更高要求的实验。
另一个问题是干燥的程度如何把握需要一定经验——干过头了洗脱困难，没干透就会将酒精带入后继实验(有人向生物通投诉过纯化产物测OD得到非常奇怪的读数，过去一看操作，果然是没干透就洗脱的结果)——要干到沙面雪白而靠管壁的最边缘还有丁点透明就可以了。当然，这个现象描述起来不着边际，做过的人就心中了了。洗脱体积通常是20ul。操作要领除了前面提到的问题，就是离心充分，离心后取管子动作轻快，事前调好加样枪，取上清要轻，靠壁、放枪缓，动作利索，不要千万不要来回抽。舍得放弃。
QiaEX相关参数：
DNA size
Recoverundefined
44 bp
75%
75 bp
75%
500 bp
95%
7.5 kb
85%
23.5 kb
75%
48.5 kb
60%
Binding capacity:
5 μg DNA per 10 μl QIAEX II suspension
Recovery:
60–95% of DNA fragments (40 bp – 50 kb)
Elution volume:
Elution volume: 20 μl
类似方法的产品还包括Roche的Agarose Gel DNA Extraction Kit
2 Agarose Gel DNA Extraction Kit
产地：Roche-Applied Science
回收范围：0.4kb—100kb(单核苷酸〉20bp)
推荐指数：
价格指数：(100次/1356，每次反应13元左右)
特点：
. 标准的或低熔点琼脂糖回收都可
. 可以用于克隆连接或者高特异性标记(基本标记或缺口平移primed labelling or nick translation)
. 0.4kb—9.5kb范围内回收率为80%
. 通用型试剂盒：大至100kbDNA片段到小到寡核苷酸都可以
. 操作简单
. 均匀统一的纯化介质珠，减少剪切力，无杂质(比如酶抑制剂)，不会影响后续反应
使用心得：
Roche的胶回收试剂盒原理也是一样的，可以完成几乎实验室有关DNA胶回收的所有需要，从基因组 大片段DNA到单核苷酸，并且在回收率上也有出彩的表现：0.4-9.5kb，大约80%;10-100kb，大约60%;单核苷酸(>20碱基)，大约65%.其实，生物通前面提到的纯化介质的方法在使用中有一些操作的问题，其实改良起来也并不很困难。
只要多提供一个单纯过滤离心柱，原来的问题看来应该不难解决——直接将混合有纯化介质的溶胶液加入柱子中过滤离心，吸附了DNA的纯化介质在膜上，上清彻底离心到管中，不就不用担心会悬浮沉淀、干沙等等问题了吗?其实Promega就有这样的解决方法，不过由于那试剂盒主要目的是纯化PCR产物或者酶切反应中的DNA，本身不带溶胶液，所以我们在这里就不具体介绍了。这种方法通常需时半小时左右，算是比较快速省事的。毕竟大片断的操作要格外小心。除了这种方法，
再重复介绍一下其他的一些方法。
1. 低熔点琼脂糖：如果你手头有Cambrex(原来的FMC，琼脂糖行业标准的制定者)的SeaPlaque GTG琼脂糖，那真是太幸福了。SeaPlaque是世界上第一个低熔点琼脂糖系列，Cambrex的GTG(遗传技术级别)级琼脂糖特别去除了抑制酶反应的各种杂质，可以在琼脂糖凝胶中进行各种酶切、连接、PCR、转化等等实验。
所以，SeaPlaque GTG凝胶电泳后切下的条带就可以在65度融化(20-30度凝固)，直接进行后继的酶切连接PCR等等的反应了，当然，前提是你的电泳槽和Buffer要足够干净，最好是专用的。这个反应条件实在是足够温和，当然不便宜，25克琼脂糖要1788大元!特别适合分辨200bp—25kb的片断。其实，也就是大小通用的方法。如果只是普通的低熔点琼脂糖也不要紧，切下来的胶块加入缓冲液65度融化后冷却到室温，可以直接用等体积酚抽，也可以用琼脂糖酶来消化。
酚抽时注意不要剧烈振荡以免损伤大片断DNA，两相间的白色物质是琼脂糖，取上清酚氯仿抽提后乙醇沉淀。琼脂糖酶可以消化融化的琼脂糖为低聚糖，随后用酚氯仿抽提后用乙醇沉淀。New England Biolabs的这种酶50单位价格300多，每200mg 1%凝胶用一个单位酶，
42度条件下反应。Takara的这种酶100单位260多，同样体积的凝胶要用2个单位，可以在60度反应，所以也可以用常规琼脂糖。只是常规琼脂糖在65度挺难融，很费时间。
2. 电洗脱的原理是将含DNA片断的凝胶放在一个用半透膜隔离的空间中，通过电泳的电流使得DNA离开凝胶进入液相，回收液相后纯化沉淀其中的DNA分子。电洗脱主要的麻烦是在透析带都比较大、两头要绑，没有刚性的袋子使用不方便，中间溶液体积大，膜面积大容易吸附产物。生物通在03年就有文章介绍以色列一家公司出品的GeBA产品，是在离心指管两边开窗贴上透析膜，这种管子可用于透析或者电洗脱，由于管子有刚性，内容体积固定，膜面积也很小，同时还提供电洗脱时放在电泳槽中的架子，操作起来十分方便，很大程度上决了这个困扰。
电洗脱条件温和，对琼脂糖没有特殊要求，同时还可以用于丙烯酰胺凝胶中的片断回收或者是蛋白质的回收。GeBA的产品基因有限公司有售，此外Merck旗下的Novagen也引进了类似的产品，价格相当。详细信息参考：从PAGE胶/琼脂糖凝胶中回收蛋白质/RNA/DNA的新工具。
3. 挖槽法。限于个人习惯的一些不入流的小技巧，有时应急(比如定的产品老不到货时)也可以对付一下。无非就是在条带前面挖坑，加入缓冲液，继续电泳半分钟，手提紫外观察，等条带全“下海”就把坑里的溶液都吸上来。大片断会遇到的问题通常是出胶慢，上对岸倒快，所以应对就要用2手，一个是在坑里缓冲液中加点什么让泳动速度降下来(低熔点琼脂糖就是其中一个方法)，要不就在对岸堵上孔径特小的膜，等这边条带全部下后反向电泳一下，让被膜阻挡的DNA回头，离开那膜。
然后取溶液纯化DNA。这些方法通常在条带浓，回收率要求不高的时候可以应急，挺磨耐性的，平常还是用Kit的算了。这里提到的老方法，都要特别注意，切胶的刀要干净锋利，切口平滑，切得不整齐有时DNA出胶很慢，不知道为什么。我们这里写写，算是忆苦思甜好了。
讲完大片断，剩下就是小片断的回收了。小于100bp的片断通常在电泳时就比较难观察分辨，需要用分辨率很高的琼脂糖或者丙烯酰胺凝胶。比如Cambrex的NuSieve 3:1或者GTG，或者是大名鼎鼎的MetaPhor琼脂糖。
所以实际上对于小片断，可以分为两种情况：一个是真的要回收电泳中特别小的片断，这种情况我们前面有提到，比如Qiagen MinElute系列可以回收70bp以上的片断;而QIAEX纯化介质可以回收40bp以上的小片断，可以根据情况选择，生物通在这里不再罗嗦了。另外一种情况是要去除一些小片断或者是核苷酸、标记物、或者是一些酶切碎片，或者去掉接头(Linker/Adeptor)或者什么的。其实这时已经不需要用电泳来分别，也就算不上胶回收的范围，不过既然提到了就顺手写写。
PCR产物回收试剂盒实际上也是一种除去小片断的试剂盒，通常回收范围是100bp到10KB之间，也就是说将小于100bp(或者70bp)的引物或者引物二聚体连同其他杂质一同去除，操作简单，只需要将PCR产物加入过滤纯化柱中离心，清洗一次，洗脱就可以了，5分钟搞定，回收率高达95%。PCR后需要酶切时，以前常常为省略跑胶纯化的步骤，要在PCR产物中直接酶切，往往导致一些酶切问题，如今用这种PCR产物纯化试剂盒就不用电泳，5分钟OK了。
用不着冒险直接酶切——万一酶切有问题多麻烦呀。通常同一个品牌的PCR产纯化试剂盒和胶回收试剂盒的柱子是同样的柱子，区别是胶回收试剂盒多一个溶胶液。所以，你可以用胶回收试剂盒做PCR产物纯化，溶胶液照加可也，调pH和盐浓度而已。
如果需要纯化寡核苷酸或者引物，Qiagen的QIAquick Nucleotide Removal Kit是一个好选择。可以用于纯化17-40mer的寡核苷酸小分子 ，以及40bp-10kb的DNA。用于纯化标记反应是不错的选择，方法和PCR产物回收试剂盒是一样的，很方便。
除了这种膜吸附的柱子，还有一种凝胶过滤原理的柱子也可以用于分段收集不同大小的产物，那个在建库等实验中用的比较多，也有用于纯化标记反应中的未标记分子或者核苷酸的。很小的DNA片断常常会用PAGE胶电泳。PAGE胶好像还没有很好的溶解方法，除了我们前面提到的电洗脱，Qiagen还提供一些私人方法，在应急的时候可以尝试。将切割下来的PAGE条带冲洗后加入指管中，加入2倍体积的分散缓冲液(0.5M醋酸胺、10mM的醋酸镁，1mM EDTA ， 0.1%SDS，pH8.0)50度保温30分钟，离心取上清，避免混入碎胶，加入3倍体积的溶胶液，后面步骤一样。这样也可以回收PAGE胶里的片断。
