基因芯片筛选发现大肠癌早期诊断分子标志物
互联网
3015
大肠癌是人类最常见的恶性肿瘤之一，其发病率位居全球恶性肿瘤第三位。2006年国家卫生部的统计数据显示，我国大肠癌死亡率已位居恶性肿瘤第五位，其发病率在40岁开始上升，至60-75岁时达到高峰。
发病率呈逐年上升趋势。对大肠癌的早期诊断有助于大肠癌的治疗，减少病死率。
早期诊断包括两方面含义：早期发现和早期确诊。目前，大肠癌的确诊主要依靠结肠镜和内镜病理细胞学检查。内镜检查不仅能直观地发现大肠粘膜早期病变，并且能借助活检对病变区域进行组织学评价。
但是在活检标本中，腺体的不典型增生和腺体癌变不易区分，二者的根本区别是癌细胞的侵袭行为，但内镜活检取材组织小，有时早期癌只能观察到异型性而无癌细胞的侵袭表现。因此，肠镜+活检的诊断方式对于大肠癌的早期确诊还是存在一定的局限性。
针对这种情况，科学家们开始寻找肿瘤分子标志物，希望能从分子水平上进行大肠癌的早期诊断。microRNA是一类21-23nt的小分子RNA，很多研究表明在肿瘤组织中存在microRNA的特异性表达。
在本文中，科学家们利用Agilent microRNA芯片筛选、RT-PCR验证等方法找到了3个microRNA的组合，这一组合能对大肠癌进行早期诊断，诊断成功率达89%。相关研究成果发表在2012年4月的《Gut》杂志上。其中microRNA基因芯片技术服务由上海伯豪生物技术有限公司生物芯片上海国家工程研究中心完成。
研究人员首先收集了133例大肠癌样品，利用激光显微捕获技术（laser capture microdissection，LCM）切取组织样品中的上皮细胞，随后提取总RNA，利用Agilent的microRNA芯片检测样品中microRNA的表达情况。
随后，科学家们利用三个经典的分类算法（prediction analysis of microarray, genetic algorithm-SVM和 one-loop Naive Bayesian）来建立大肠癌早期诊断的数学模型。找到了14个microRNA的组合，该组合区分腺瘤和大肠癌的准确率达94.1%。并在91个FFPE样品中用RT-PCR的方法对这14个microRNA的表达进行了验证。最后选出3个microRNA的组合，该组合区分腺瘤和大肠癌的准确率达94%（AUC=0.968）。
Logit(p) = 5.7428- 1.521undefined(miR-375) + 0.703undefined(miR-424) + 1.033undefined(miR-92a)
最后，利用这3个microRNA的组合来对58个FFPE样品进行早期诊断，发现准确率达89%（AUC=0.918）。
综上所述，科学家们利用基因芯片的技术手段筛选到了3个microRNA的组合，这一组合对大肠癌的早期诊断准确率达89%以上。这一成果对于大肠癌的及时发现和治疗有重大意义。
原文：
Wang S, Wang L, Bayaxi N, et al..A microRNA panel to discriminate carcinomas fromhigh-grade intraepithelial neoplasms in colonoscopy biopsy tissue. Gut(2012).doi:10.1136
