通过实时荧光定量PCR技术实现对miRNA靶向物mRNAs的相对定量分析
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1 导言
小RNA(miRNAs)是一种内源性非编码蛋白的小分子RNA,它们是许多基础的细胞过程中基因表达的主要调节因子,这些过程包括细胞增殖、细胞分化以及细胞凋亡等。miRNA在肿瘤生长过程中也发挥着重要作用。
一般来说,miRNA通过控制翻译过程来实现对目标蛋白表达的调控。然而,在靶向mRNA降解水平上的基因表达的调控已有报道。因此,有证据显示miRNA能够通过RNA降解来实现对细胞内mRNA浓度的直接调控,而且也会通过靶向作用于蛋白质级联来调控mRNA水平,这些蛋白质级联能够调控下游转录或在转录后对mRNA水平进行调控。
在当前的研究中,我们重点关注miRNA hsa(人)miR-21,研究发现在乳腺癌和其他肿瘤中miR-21水平上调。更进一步的研究发现,miR-21在细胞凋亡和细胞生长过程中也发挥着功能性作用。
为了进一步对miR-21进行研究,我们研究了miR-21的水平对三个假定的miR-21靶向基因(PDCD4,PTEN和TLR2)mRNA表达的影响。
2 材料和方法
细胞培养
DMEM培养基中补充1%的L-谷氨酰胺,1%的盘尼西林/链霉素,10%的FBS,在+37℃ 5%CO2条件下培养HeLa细胞。
用miRNA 21 miRIDIAN类似物,miRNA 类似物miRIDIAN对照,miRNA 21 mi RIDIAN抑制剂和miRNA miRIDIAN抑制剂对照siRNA(dhar-macon都为50nM),以及X-tremeGENE siRNA转染试剂(罗氏公司),按照生产商的方案进行转染。
RNA提取与逆转录
在转染之后两天,使用High Pure RNA Isolation Kit(罗氏公司),按照生产商的建议从HeLa细胞中提取总RNA(每个类似物miRNA三个生物学复制)。同时,使用High Pure miRNA Isolation Kit(罗氏公司),按照使用说明书上的指导,提取包含小分子量RNA在内的总RNA(两个生物学重复)。
按照生产商的指导,使用Transcriptor First Strand cDNA Synthesis Kit(罗氏公司)和oligo(dT)18 与随机六聚体引物的混合物,按照每次反应500到1000ng总RNA的量进行第一链cDNA的合成。
用miRCURY LNA First-strand cDNA Kit(Exiqon)进行miRNA 第一链cDNA的合成,每次反应使用4ng含有小RNA在内的总RNA。