DNA片段纯化与回收常见问题分析

Q：利用凝胶回收试剂盒DNA回收效率较低或者未回收到目的片段？

A：

可能有以下几个原因：

1. 胶块未完全溶解，可适当延长水浴时间，并增加上下颠倒次数辅助溶解；

2. 胶块体积太大，应先将其切为小块，分多次回收；

3. 电泳缓冲液pH太高，硅基质膜在高盐低pH结合DNA，如pH太高，应作适当调整；

4. 漂洗液中未加入无水乙醇。

Q：能否改用去离子水洗脱？

A：可以。但是实验室所用纯水一般pH偏低，可利用NaOH适当调高其pH值，以增加洗脱得率。

Q：回收DNA进行后续酶切实验？

A：洗脱产物含有残留的乙醇会影响酶切，请确保彻底去除漂洗缓冲液，具体方法参见回收效率低的解决方案。

Q：可否使用更小洗脱体积(小于说明书提供的最小洗脱体积)进行洗脱以提高浓度？

A：不可以。因为说明书提供的最少洗脱体积是能完全覆盖吸附膜的最小体积，若减少体积则不能将DNA完全洗脱下来。

Q：电泳检测只有一条目的带，可否选用凝胶回收试剂盒？

A：可以。如果后续实验对片段纯度要求较高，建议即使只有一条带，也可以切胶纯化，其回收得到片段的纯度可能要比直接回收高一些。

Q：琼脂糖凝胶胶块不溶？

A：1. 琼脂糖质量不好。2. 含目的片段的凝胶再空气中放置过久，使胶块失水、干燥，建议切胶后立即进行回收或将胶块保存在4℃或-20℃。3. 制胶的电泳缓冲液浓度过高或陈旧。