临床样本DNA模板的常规制备方法
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一、 病毒标本中提取DNA(支原体、腺病毒)处理方法
(1)将擦拭过的咽拭纸放入1.5ml装有1ml生理盐水的eppendorf管中。
(2)以10,000r/min离心5分钟,去上清液。
(3)沉淀物加入30 ml TE液混匀后煮沸10分钟,4℃保存备用。
二、 从细菌中提取DNA
1.NG(淋球菌)DNA的提取
标本可取自尿道、生殖道或结膜分泌物。
(1)取男性尿道口或女性宫颈处分泌物于事先加有1ml生理盐水的eppendorf管内。
(2)振荡棉签或拭纸使NG释放出来。
(8)加入2倍体积无水乙醇沉淀DNA。
(9)去乙醇,空气干燥后加入30μl的TE液,置4℃冰箱保存备用。
2.TB(结核杆菌)DNA的提取
临床标本可来源于痰、尿、支气管灌洗液、胸水、腹水、心包积液等。处理方法也不尽相同,除痰标本外,其他标本大致相同。注意痰标本的留取一定要取次日早上的晨痰,留存器皿要无菌消毒,避免污染。
(1)痰标本TB DNA的提取
①挑少许痰液放入1.5ml的eppendorf管中,加入5mo1/L NaOH 500μl混匀,使痰液变稀,室温中摇动20分钟。
②加入1mo1/L NaH2 PO4 600μl混匀(起中和作用),10,000r/min离心5分钟。
③去上清液,补加TE至500μl混匀,加少许溶菌酶。
④置37℃消化30分钟。
⑤加等体积的酚、氯仿、异戊醇(25:24:1)混合液,摇匀20分钟。
⑥10,000r/min离心5分钟,将上清液移至另一干净eppendorf管中,加入等体积的酚、氯仿、异戊醇混合液,继续摇匀20分钟。
⑦10,000r/min离心5分钟,移上清液于另一小管中,加入等体积异丙醇摇匀。
⑧10,000r/min离心5分钟,去上清液,置空气中干燥,加入30μlTE溶解沉淀物,置4℃冰箱备用。
(2)胸水、腹水、支气管灌洗液、尿液、心包积液标本TB DNA的提取
①将上述液体3ml,经反复离心,去上清液,留沉淀物。
②按上述痰标本处理操作步骤③-⑧提取。
三、组织内基因DNA的提取
1.HPV(尖锐湿疣)提取
(1)取绿豆大小的组织样品于1.5ml的eppendorf管中,加入细胞裂解液少许,裂解液含0.1mo1/L NaC1、0.2mol/L蔗糖、0.01 mol/L EDTA、0.3mol/L tris(pH8.0)和0.5%-1% SDS。
(2)用眼科剪剪碎组织(越细越好),补足裂解液至400μl,并搅散组织块。
(3)置60℃―65℃水浴消化2-3小时,中间摇匀两次。
(4)加入等体积的酚、氯仿、异戊醇混合液抽提,摇匀20分钟。
(5)10,000r/min离心5分钟,上清液移入新的eppendorf管中,用两倍体积的乙醇沉淀DNA。
(6)10,000r/min离心5分钟,去上清液,空气干燥沉淀物,加入30μl的TE,置4℃保存备用。
2.各种肿瘤组织提取(胃、肠、心肌、骨骼肌、肝、腺癌、子宫、绒毛等)
(1)取绿豆大小的组织样品于1.5ml的eppendorf管中,加入细胞裂解液少许,每10ml裂解液含有:
1 mol/L Tris-HCl 0.1ml
0.5mol/L EDTA 2ml
5 mol/L NaC1 0.2ml
20% SDS 1ml
200 μg/μl蛋白酶K 1ml
1 mol/L DTT 0.39ml
(2)用眼科剪尽量剪细组织块,补加细胞裂解液至500μl。
(3)55℃~66℃保温2~3小时,中间摇匀两次。
(4)加入等休积的酚、氯仿、异戊醇混合液摇匀20分钟,10,000r/min离心5分钟。
(5)上清液移入新的eppendorf管中,加入等体积的酚、氯仿、异戊醇混合液继续摇匀20分钟,10,000r/min 离心5分钟。
(6)上清液移入新的eppendorf管中,加入2倍体积无水乙醇沉淀DNA。
(7)挑出DNA,用70%乙醇洗两次,空气干燥,加适量TE溶解DNA(根据DNA量决定加入TE量),置4℃保存备用。
四、血标本DNA的提取
方法一:
(1)取抗凝外周血50μl,加入6mol/L,NaI 50μl,混匀,振荡30秒。
(2)加等体积的氯仿、异戊醇混合液,振荡30秒。
(3)10,000~12,000r/min离心2~5分钟。
(4)取上清液移至新的eppendorf管中,加入异丙醇80μl混匀,至沉淀产生。
(5)12,000r/min离心3分钟,去掉异丙醇,37%异丙醇再洗一次,离心,去上清液,沉淀物干燥后(放室温),加入30μl无菌水溶解,置4℃保存备用。
方法二:
(1)取10ml外周血,放于50ml管中,按1.3:10加入ACD抗凝。
(2)4,000r/min离心10分钟,去上清液。
(3)加1.7%NH4 Cl至50ml,混匀,放37℃保温45分钟。
(4)4,000r/min离心10分钟,去上清液。
(5)加入50ml PBS液混匀,4,000r/min离心10分钟。
(6)去上清液,沉淀物中补加TE液至10ml,充分混匀。
(7)加入2.5ml 5mol/L NaClO4 ,混匀,加3ml 10%的SDS混匀。
(8)置55℃~60℃保温2~3小时。
(9)加入等体积的酚、氯仿、异戊醇(25:24:1)混合液摇匀40分钟。
(10)4,000r/min离心10分钟,轻轻将上清液移入新的eppendorf管中。
(11)用2倍体积无水乙醇沉淀DNA,轻摇,挑出悬浮DNA放入新管中。
(12)加入5 ml的TE液,溶解后加50μl RNA酶(20mg/ml)。
(13)置37℃温箱中保温1小时,加50μl 10%SDS、100μl 20mg/ml的蛋白酶K、120μl 0.5mol/L的EDTA混匀,37℃过夜。
(14)加5ml TE液,混匀后加10ml 酚、氯仿、异戊醇(25:24:1)混合液,混匀,放置40分钟。
(15) 4,000r/min离心10分钟,去上清液,加入2倍体积的无水乙醇,沉淀DNA,挑出DNA用75%乙醇洗两次。
(16)空气干燥后,加入适量TE溶解DNA,置4℃备用。