基因组限制性酶切扫描法(RLGS)
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基因组限制性酶切扫描法 (restriction landmark genome scanning ， RLGS)
该方法是将基因组DNA放射性标记，首次电泳后原位消化，二维电泳成约2 000个离散片段。这些片段几乎包含了整个基因组序列，并且片段大小适合克隆和序列分析。RLGS能在凝胶中定量分析数千个CpG岛的结构和甲基化变化，而无需已知基因序列。
1)RLGS的基本步骤
(1)首先将基因组DNA用甲基化敏感的NotI消化(酶切点GCGGCCGC)，因其89％的酶切位点包含在CpG岛内这一特点，NotI酶切谱经常被称为landmarks。
(2)将被消化后的DNA片段用放射性物质(32 P)标记，然后电泳。再用第二个甲基化敏感性酶消化。
(3)用第三个甲基化敏感性酶消化凝胶内的DNA，在5％非变性聚丙烯酰胺凝胶中继续电泳，其电泳方向与第一次电泳方向垂直，同位素磷扫描仪扫描。
2)RLGS的特点：RLGS可获得CpG岛拷贝数和甲基化状态的信息。为了增加可分析片段的数量，DNA可用不同系列的酶处理。“标记酶”的选择至关重要，因为它的酶切位点决定了所展示片段的偏性(bias)。该方法已经被用来检测人类肿瘤CpG岛异常高甲基化和重复序列的去甲基化现象。
与以PCR为基础的甲基化分析方法相比较，RLGS具有以下特点：首先该方法可以展示超过90％的含CpG岛的DNA片段；其次RLGS可以同时分析几千个CpG岛片段，但是存在限制性内切酶偏性；可以获得每片段的定量信息。
Hayashizaki和Plass等人使用该方法发现了小鼠体内的两个印记基因。值得一提的是，使用该方法发现了CpG岛甲基化谱具有肿瘤特异性。该方法在验证阶段工作量较大，不如前2个方法便捷，目前很少使用。
