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担心文章被 argue?你的 ChIP 要过这一关

武汉康测科技有限公司

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如何判断 ChIP 抗体是否结合目的蛋白,完美的完成了任务?ChIP 后进行 WB 检测就尤为重要了,检测报告能告诉我们 ChIP 实验结果究竟如何,WB 检测不合格文章可能被 argue 哦。


ChIP 实验报告怎么看?
我们以几个项目的检测报告为例给大家解释 ChIP 的实验结果。


项目编号:KC- 2018 -undefined*。这个项目是对小鼠的细胞进行组蛋白 ChIP,使用组蛋白特异性抗体,ChIP 后的 WB 检测结果是这样的:

首先,这是一个非常好的结果:
除 marker 外共有 9 个泳道,从左往右依次是生物学重复样品 NC- 1~ 样品 NC- 3,每个样品 3 个泳道,分别为:样品(Input),使用目的组蛋白特异性抗体进行 ChIP 富集的产物(IP),使用 IgG 进行 ChIP 富集的产物(IgG)。


Input:阳性对照样品(ChIP 实验前取部分样品作为阳性对照),在样品中可以检测到目的组蛋白的表达;
IP:用组蛋白特异性的抗体进行免疫沉淀(IP),对沉淀产物进行 WB 检测出现目的条带,说明免疫沉淀获得目的组蛋白;
IgG:使用无特异性的 IgG 代替特异性抗体进行免疫沉淀,作为空白对照,沉淀产物无目的条带,排除了其他因素(非特异结合)对 ChIP 实验的影响。


Input 首先证明样品确实表达了目的蛋白,然后,IP 样品与 IgG 样品比较可看出样品中的目的组蛋白通过抗体免疫沉淀,有明显的特异性富集,说明 ChIP 实验成功,此外,三个生物学重复都成功 ChIP,且结果一致。
(注:抗体重链条带为加入二抗孵育时,因二抗结合一抗、IgG 的重链而产生)


这样,ChIP-seq 就完成了最关键的一步,可以进行后续的建库、测序、分析、挖掘了。有了这张漂亮的 WB 检测结果图,绝对没人敢质疑你的 ChIP!


康测科技还做过哪些 ChIP 测序项目呢,随手一搜还真不少,我们一起来看吧。


转录因子 ChIP-seq 项目


1. 项目编号:KC- 2018 -undefined*,样品描述:真菌,抗体描述:Flag 标签抗体


2. 项目编号:KC- 2018 -undefined*,样品描述:人源细胞,抗体描述:转录因子特异性抗体

在这个 WB 检测中,还检测了 IP 上清,IP 上清也就是免疫沉淀后的上层清液,IP 上清中有非目的蛋白,也可能有未被抗体结合的目的蛋白。通过 WB 检测,我们可以看出目的蛋白是否完全被结合、沉淀,是否需要增加抗体的量以提高免疫沉淀效果。从这张 WB 检测结果图中可知,样品中的目的蛋白被完全沉淀,上清中无目的蛋白。


3. 项目编号:KC- 2018 -undefined*,样品描述:人源细胞,抗体描述:转录因子特异性抗体


4. 项目编号:KC- 2018 -undefined*,样品描述:人源细胞,抗体描述:转录因子特异性抗体


5. 项目编号:KC- 2018 -undefined*,样品描述:微生物,抗体描述: Flag 抗体

组蛋白 ChIP-seq 项目


6. 项目编号:KC- 2018 -undefined*,样品描述:小鼠细胞,抗体描述:组蛋白特异性抗体


7. 项目编号:KC- 2018 -undefined*,样品描述:植物组织,抗体描述:组蛋白特异性抗体


8. 项目编号:KC- 2018 -undefined*,样品描述:植物组织,抗体描述:组蛋白特异性抗体

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