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实验时间 | 不识文献真面目,只因没懂框架图

丁香园

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「穿上白大衣,手拿移液器,配置显微镜」小明一如儿时课本上所画生物科学家一般,他怀揣着梦想与忐忑推开科研大门,见到了耀眼的导师。导师慈眉善目,温和地说:「刚读研,要多看看文献,积累科研思维课题设计」。小明点头如捣蒜,内心却纠结如线团。

咋看,无从下手呀!怎样把文献看的既快速又通透?今天就给大家分享一些「小套路」。

首先,我们来看一下肿瘤相关文献共通点。肿瘤的研究分为现象发现,机制探索,现象验证几大类。其课题设计和文章书写无外乎以下的主线:

现象发现

增殖

凋亡

1.Hoechst 33342-DNA 染色实验;

2.流式细胞术检测细胞凋亡

侵袭转移

机制探索

第一步

  • 蛋白芯片、组织芯片、基因芯片等筛选差异蛋白或差异基因(或直接根据文献)

第二步

  • 进行差异蛋白或差异基因的验证;

  • 过表达/沉默(转染),抑制剂/激动剂;

  • 检测其上下游相关蛋白或基因的改变(Western blot/PCR)

第三步

  • 预测信号通路;

  • 根据上步所检测的差异蛋白或基因及其上下游改变的蛋白或基因,结合生物新信息学初步画出信号通路

现象验证

1.设置实验分组;

2.进行加入目标干预(治疗组)的验证,验证包括对肿瘤体内外生物学行为的影响;

3.作用机制的探究(又循环至以上框架)

我们以一篇文献为例,见下图

图 1:看文献摘要,概括改文章思路:确定研究对象--生物学行为--蛋白基因水平检测分子机制--得出结论

图 2:体外检测处理前后生物学行为

图 3:体内检测处理前后生物学行为

图 4:探索分子机制:检测处理前后目标蛋白表达量变化

图 4:探索分子机制:检测处理前后目标蛋白表达量变化

图 5:再次验证机制是否正确:设置目标蛋白(+)组和(-)组再次进行生物学行为验证

在该文献的摘要中,寻找阅读文献的套路,几分钟就可以大致捋清楚一篇文献。

1.确定研究对象:三阴性乳腺癌;

2.研究方向:侵袭转移;

3.目标蛋白或序列:N-cadherin;

4.技术路线:体外实验建立模型---Transwell 小室侵袭实验检测侵袭能力---体内实验检测转移能力;

5.机制探索:检测目标蛋白表达量变化(Western Blot,流式细胞术);

6.再次验证机制是否正确:设置目标蛋白(+)组和目标蛋白(-)组进行生物学行为验证;

7.最后进行总结与讨论。

一篇文献的阅读就初步完成了,之后再进行细化阅读。

看到以上的框架图和例子,是否突然发现肿瘤研究的文献阅读和课题设计也不过如此嘛。

在之后的日子里我会与大家一起分享其他类型的文献阅读套路。少年,科研江湖路远,看清套路,对症突击方得始终。

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