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如何轻松搞定基因芯片数据分析?

生物学霸

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今天给大家介绍一种简单快速的基因芯片数据分析网站

GCBI 基因云平台(www.gcbi.com.cn),可以让科研人员及医生低门槛并且快速的使用生物信息学进行基因相关的研究。


分析思路

先以表达谱数据为例介绍基本的分析思路:

1. 差异基因筛选:

对实验组和对照组进行差异基因筛选,筛选出与实验因素(可以是疾病、干扰或过表达等)相关的差异表达基因。

2. 差异基因功能与通路分析:

对差异基因基于 GeneOntology 和 KEGG 数据库进行显著性功能富集分析和信号通路分析,找到和实验相关的显著性功能(Go-Analysis)和信号通路(PathwayAnalysis)。

3. 差异基因相互作用网络分析:

根据数据库中已知的基因和基因间相互作用关系进行信号转导网络分析,发现网络中核心的基因。

那么问题来了?怎么分析?

学软件,学 R 语言?

可是我要做实验,没时间!我要上临床,没时间!

而使用 GCBI 平台只需要简单的三步:前提是要先注册。

操作步骤

Step1: 创建方案:登陆注册 GCBI 网站,使用在线分析实验室功能,按照网站操作指导建立分析方案,把对应组的样本数据(.cel 格式的原始文件)正确添加到对应组中,可以看到如下的分析思路以及分析模块:

Step2: 执行方案:保存方案后,再点击执行按钮,然后坐等方案执行完就可以查看结果了。根据样本原始数据的大小,一般运行 5 到 30 分钟 GCBI 即可完成以上所有分析。

Step3: 查看结果:运行成功之后,点右上角查看结果,就会跳到结果导航页面:

首先展示的是基因芯片质控结果页面,如果芯片不合格,会自动帮你挑出不合格的样本对应的芯片,如果所有芯片的样本均合格,则会显示质控合格:

然后点击结果导航:

点击对应的分析模块就会看到对应的分析结果:

比如:点差异分析模块,展示火山图,也可以切换到聚类图:


切换右上角图形数据按钮,就可以看到差异基因的列表,差异上下调属性,倍数等:

查看其他结果可以再次点击结果导航,点击要查看的分析结果模块


还有数据精灵可以灵活的在线调整基因互做网络图:


除了以上介绍的这几种分析之外,更多的 miRNA 芯片分析,lncRNA 芯片分析可以登录 GCBI 具体了解,同时 GCBI 将最大的公共基因芯片数据库之一的 GEO 数据库进行了本地化,可以直接将样本数据发送到在线分析实验室进行分析,大数据的挖掘变得如此简单省时!以上均为免费分析,免费在线查看结果。

文章来源:GCBI

图片来源:GCBI

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