一小时搞定基因集富集分析

基因集富集分析（Gene Set EnrichmentAnalysis, GSEA），根据名称我们就可以知道这是一种对基因进行富集的工具和方法。

其基本思想是使用预设定的基因集（通常是基因组注释信息或者来自前人、牛人的实验结果），即将基因富集，把功能相似或者相同的基因进行组合，并最终以基因集的形式进行封装；然后将 case 和 control 组中差异表达的基因进行排序，之后检验两组中差异表达的基因是否在预先设定的基因集合的顶端或者尾端富集。

如果在最终的分析结果中，case 和 control 中差异表达的基因分别富集到顶端或者尾端，那么可以说明两组在所选通路或者所选功能基因集上具有差异。

该方法早在 2005 年就已经被提出，PNAS 文章 Gene set enrichment analysis: aknowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles.ProcNatl Acad Sci U S A. 2005 Oct 25;102(43):15545-50. Epub 2005 Sep 30.

下面，我们将介绍如何去下载安装并使用该软件。

1：首先，打开 GSEA 的官网：http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp

可以看到 GSEA 的介绍，和最新版本的改动时间等。

2：接着，点击 download，在下载页面可以看到有很多板块，各个板块包含了不同的信息，这里不一一赘述，大家可以自行查看。

在 JavaGSEA Desktop Application 中根据自己电脑的实际情况（32 位或者 64 位）进行下载。文件很小，瞬间就能够下下来。

3：不过，这是一个 Java 文件，所以说，如果你的电脑没有 Java 的话，你进行需要下载安装 Java，下载 Java 的时候要注意，GSEA 所需要的是 Java8，而目前 Java 已经更新到 Java9 了，所以说不要下载最新版本的，而是下载 Java8。

百度搜 Java，然后进入官网。 http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/overview/index.html

同样，点击 download，我们可以看到最新版本的 Java 已经到 9.0 了，而这不是我们所需要的版本。

我们需要做的是下拉，然后找到 Java8，点击 JDK 下面的 download。

进入到新的界面之后，首先要点击 Accept LicenseAgreement，不然无法下载，然后根据自己的电脑情况下载适合自己机器的文件。本次教程是下载了 Windows-x64，文件较大，需要下载几分钟。

下载之后，就根据提示进行安装，不要修改默认安装路径，一般情况下会安装到 C 盘的 Program Files 文件夹下。我的是安装在这里。

4：下载安装了 Java 之后，需要对计算机的环境变量进行设置，因为计算机虽然知道已经安装了 Java，但是并不知道 Java 在哪里，所以在需要调用的时候就会 「找不到」Java，以至于无法运行。这时，回到桌面，右键 「计算机」，点击 “属性”，进入到新的界面。

5：在新的界面，点击高级系统设置

6：找到下方发「环境变量」，点击进入。

7：此时，你会进入一个平时几乎不会看到的界面，然后点击下方的「新建」。

8：新建的变量名为 JAVA_HOME，变量值就是你 Java 的安装路径了，然后点确定。这里有个小知识点，那就在设置环境变量的名称时，通常会使用大写字母。

9：新建 JAVA_HOME 之后，还需要新建另外一个变量「JRE_HOME」，当你返回 Java 的安装文件夹时，你会发现该文件夹里面存在两个文件夹，第一个为 jdk，第二个为 jre，而这里要建的第二个变量就是 jre，同样地，变量名为「JRE_HOME」，变量值为 jdk 的路径 C:ProgramFilesJavajre1.8.0_161

10: 新建的第三个变量为：CLASSPATH，变量值为

.%JAVA_HOME%lib;%JAVA_HOME%lib ools.jar

切记，变量值的第一个字符为.（点），不要漏掉。

11：编辑 Path 变量，这里不是新建，而是编辑。在系统变量里上下翻动找到 Path，选中之后点击编辑。

在最末填入

%JAVA_HOME%in;%JAVA_HOME%jrein;

注意如果结尾处没有;(分号）的话，应加;%JAVA_HOME%in;%JAVA_HOME%jrein;

总之就是要和前面的路径分开吧。然后点击确定。

12：最后，检验一下 Java 是否安装成功。使用 win+R 键，输入 cmd，打开命令行窗口；输入 java, 按下 Enter 键，若出现以下图示，表示安装成功。

13: 安装成功之后，再回到第二步，点击之前在 GSEA 官网下载的. jnlp 文件。

打开的时候需要等几分钟，因为这个软件所需的内存是比较大的，所以说不要着急，耐心等。当出现了以下界面的时候，那么恭喜你，距离分析 GSEA 就只差一步之遥了（只差数据）。

接下来，会写 GSEA 分析的过程，1 小时搞定 GSEA（下），敬请期待！