BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能!
i生信
不少研究中药或者小分子药物的同学想从研究的分子出发预测靶蛋白和相关的功能(比如信号通路),今天我们就来介绍三个工具。
1. BATMAN-TCM
网站链接:http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/
这个网站我们以前介绍过,这里再简单说一下使用方法:
以三七为例,
第一步输入三七的拼音:san qi,
第二步是确定参数:
最后单击 Start 就可以了:
等一下以后就出来结果了:
2. STITCH
网站链接:http://stitch.embl.de/
STRING 大家都用过,STITCH 与 STRING 用法相似,可以预测小分子化合物与蛋白的关系网络。
同样以三七成分人参皂苷(Ginsenoside)为例:
提交后的结果:
下面的 Settings 是设置,可以用类似 STRING 的方式设置:
Update 后的 network:
Analysis 是预测功能预测:
结果可以在 Tables/Exportes 导出:
3. SwissTargetPrediction
网站链接:http://www.swisstargetprediction.ch/
我们可以直接根据化学结构预测,右侧可以画,
我们按照人参皂苷的化学结构画一下,对于不是很熟悉小伙伴来说要摸索一下,不过小张相信以大家的智商,很快就能画好的;另外还可以作为消遣的工具,画出各种有意思的图:
画好后可以提交了,这是预测的结果:
工具就介绍到这里了,欢迎大家留言更多工具和介绍!