检测融合基因的方法有哪些？

最近融合基因大火，目前获批的药物有很大一部分也是针对基因融合的，比如前一阶段大火的 NTRK 融合以及肺癌中经常被提起的 ALK 融合等。

融合基因检测方法较多，小编整理了 7 种融合基因的检测方法：

理论上可检测融合 partner 和融合亚型，但是只能检测已知融合形式或者已知亚型，无法检测未知融合 partner 和亚型。

PMID：19136943，IF：41.577，Nature 2009 Mar 05;458(7234)

1、TICdb：肿瘤相关染色体易位数据库

查找目的基因的融合对象以及融合基因序列。

2、COSMIC：肿瘤相关的体细胞突变、融合基因数据库。

网址：http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic

3、CGAP：肿瘤相关染色体异常及融合基因数据库

网址：http://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/Mitelman

勾选此处结构异常，选择疾病名称。

例如：Acute myeloid leukemia 可查询相关疾病中的常见融合基因。

CGAP 应用举例：融合基因，点击基因名称，可进一步查询

• 该基因在不同组织的表达情况

• 融合蛋白相关信息

• 基因功能

二、FISH

以荧光标记的已知核酸分子为探针，探针和靶序列双链 DNA 变性后杂交，互补的异源单链 DNA 分子在适宜的温度和离子强度下退火形成稳定的异源双链 DNA，通过荧光标记的抗体将半抗原显示出来，通过荧光显微镜观察杂交信号。

2、FISH 探针制备及检测步骤：

三、染色体显带技术

PMID：19136943，IF：41.577，Nature 2009 Mar 05;458(7234)

四、荧光原位杂交

ABL 探针以红色标记，BCR 探针绿色，黄色为融合信号。

INTEGRATE 首先利用映射和未映射的 RNA-seq 读数，然后分析来自肿瘤的 WGS（全基因组）读数。

PMID：26556708，IF：10.101，Genome Res. 2016 Jan;26(1)

六、RNA 测序

PMID：19136943，IF：41.577，Nature 2009 Mar 05;458(7234)

七、Ventana 免疫组化

Ventana ALK（D5F3）免疫组化可用于检测间变性淋巴瘤激酶 ALK 基因重排，并通过 2 个评分系统，第一个系统为二元评分算法，第二个系统为，半定量解释系统。

PMID：30572846，IF：3.288，BMC Cancer 2018 Dec 20;18(1)