如何用 Metascape 做基因功能分析？

Metascape 是一个操作简单、功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中，以实现对基因或蛋白功能的认知。

与其他基因功能分析工具相比，Metascape 克服了常见的操作难上手、数据库缺乏更新造成的数据不准确，和结果不易理解的不足之处。所以不管对新手还是入门已久的同学来说，用 Metascape 做基因功能分析，绝对是不错的选择。

一、Metascape 优点

http://metascape.org/

• Metascape 集成了四十多个生物信息数据库，通过一键快速分析的简单操作让生物学者能够轻松获得全面的数据解析。

• Metascape 不仅在内容上包含了生物通路富集分析，蛋白质互作用网络结构分析以及丰富的基因注释功能，而且将结果以生物学家容易理解的高质量的图表语言加以呈现。

• Metascape 的数据不仅更新快，其覆盖面也相当广泛。从数据库种类来说，Metascape 整合了 GO、KEGG、UniProt 和 DrugBank 等多个权威的数据资源。

• Metascape 的数据每隔月余就会更新一次，保证了数据的可靠性与准确性；

• Metascape 不用编程就能做基因功能富集分析，比 DAVID 更新更快，更傻瓜，鼠标一键出结果，非常容易上手。

二、Metascape 使用流程

Metascape 的使用非常简单，只要将基因列表贴入提交，然后点击 Express Analysis 按钮即可。

1. 打开网址

http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1

2. 上传基因文件

• 可以直接上传基因文件。

• 如果需要分析的基因数目较少，也可以直接在输入框中粘贴基因。

  

注意：Metascape 支持 3 种 gene list 提交格式，分别是 Excel 表格，CSV 格式与 TXT 文本格式。

在基因列表提交框的右侧，有每一种格式的具体示例可供下载。Metascape 支持的基因表示方式也有三种，分别是 Gene Symbol，RefSeq ID 和 Entrez Gene ID，这三种表示方式在输入框的右侧也有具体示例。

3. 选好物种，点击 Express Analysis 进行分析就可以了。

4. 最后点击下载报告即可。

三、详细且专业的分析报告

Metascape 网站在文章发表之前就已经被 350 多篇论文引用，其中不乏《自然》、《科学》、《细胞》等杂志。有趣的是约三分之二的引用文章使用了 Metascape 生成的图表。这可能要归功于这些图表的设计都是基于作者团队多年发表论文的经验之上。

分析报告特点：

• 分析报告模仿科研论文的格式来展现分析结果，图文并茂，对生物学者极其友好；

• 报告中详细阐述了分析方法和图形的意义，而且图形都含可以发表的高清晰文件格式；

• 报告还提供了格式化好的 Excel 文件，许多文章直接使用它做 supplementary table；

• 自动生成的 PowerPoint 文件方便学者们交流结果；

• 所有的数据和图标文件都可以通过一个 Zip 文件包下载保存；

• 蛋白质网络文件格式还支持用第三方软件比如 Cytoscape 进行更加深入的分析。用户熟悉后也可以使用 Custom Analysis 按钮对更多的分析功能和参数予以调节。

Metascape 的图表为生物学者提供了一些对阐述结论非常有效的数据表达形式。有的论文甚至多处采用 Metascape 的图形，比下图的两个例子。

左图摘自 Lotan et al. Molecular Psychiatry (2018) 78:865 中的 Figure 5

右图摘自 Dong et al. Genome Biol (2018) 19:31 中的 Figure 3

报告下载方式：

点击页面顶部的下载 ppt 报告按钮，就可以得到一份包含所有图表的 PPT。