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如何用 David database 批量搜索基因文献?

丁香园

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使用 David database 进行 GO、KEGG 等富集分析你或许比较了解。但它还可以用以大批量搜集基因功能通路相关的文献哦。尤其是当你面对一堆基因需要查阅文献时就知道有多么感激 David database 了。下面以 28 个 gene symbol 的基因列表演示一下过程:

打开主页(想直接复制网址的童鞋们,可在生物学霸后台回复基因网址即可),点击 Start Analysis。

依次在 Upload 界面按步骤上传列表,Background 界面选择物种,List 界面选择上传的列表。

点击 Funtional Annotation Chart 进行功能富集。

展开 Literature,勾选 pubmed。显示 28 个基因都有文献。

点击 Chart 查看文献集合。PMID 即 pubmed 文献号,点开可以连接到 pubmed 文献

点开 genes 则显示每篇文献涉及的列表中的功能基因。

点击 chart 旁边的按钮则是另一展示方式:每个基因相应的文献集合,这正是我们需要的懒癌福音!点开 Related genes 还可以显示功能相关基因。

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