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实验做不完总熬夜?试试这几个高效率实验神器

&丁香园

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你还在拿着笔算 V=n·c 吗?

你还在对这培养皿一个一个查着菌落吗?

你还在拿着一张纸质的 protocol 做实验吗?

那你就 OUT 了!


你想快速的转化核酸 / 蛋白之间的信息吗?

你想知道要多久 Ecoli 才会长到你需要的 OD 值吗?

你想不依靠电脑和书本知道限制性内切酶酶切位点等信息吗?

那就就继续往下看!

有了这几款 AAP,让你的实验效率飞起来!

1 DailyCalcs

主要功能:计算摩尔浓度、稀释倍数、分子量、转染、单位换算、培养容器参数、比生产率计算器等。

1. Molarity Calculator 摩尔浓度的计算

例如,想配体积 500 mL 浓度 50 mM 的 Na2HPO4 溶液,先输入化学式(Chemicalformula)或者分子量(Molecular weight),再输入要配的摩尔浓度(Molar solution)和体积(Final volume),点击 「Done」就得到了需称量药品质量(Required mass):1.42 g。

注意:

  • 输入分子式要注意大小写

  • 如果输入了化学式分子量会自动计算

  • 各个单位量级都是可以选择的

2. Dilution Calculator 稀释倍数计算器

例如稀释缓冲液,输入现有的物料浓度(Stock concentration)2 M,所需浓度(Desiredconcentration)是 50 mM,所需体积(Desired volume)是 300 mL,点击「Done」,需要取的原液体积(Additional stock)是 7.5 mL,将 7.5 mL 原液稀释到 300 mL 就可以了。

3. Molecular Weight Calculator 分子量计算器

可以计算分子量以及 1 g 药品的摩尔数,例如输入化学式 NaCl,点击「Done」,即可得到以下信息。

4. Transfection Calculator 转染计算器

只需指定转染试剂(Lipofectamine LTX、Lipofectamine RNAiMAX、Lipofectamine 2000),样品数量,容器大小(6 well-96 well、35 mm-100 mm)和重复次数,并计算实验所需的所有试剂和培养基的确切量。

5. Unit Conversions 单位换算

这个工具比较简单,包括换算长度、面积、速度、流速、体积、浓度、质量流速、质量、摩尔质量、物质的量、温度、压力,这是一种全面的单位换算工具。

6. Culture Vessel Data 培养容器参数

选择不同的细胞培养皿,培养皿和烧瓶,会显示生长表面积(Surface area),细胞接种密度(Seeding density),融合时细胞数(cells at confluency),必需的生长培养基体积(Growth medium),细胞分离的胰蛋白酶体积(trypsin volume for cell detachment)等重要数据。

7. Media Conversions

在质量与体积之间转换 gibco 粉末和 AGT 介质产品粉末的工具。

在 KG 和 L 之间转换 gibco 粉末和 AGT 介质产品的粉末和 AGT 介质的测量转换工具。

8. Specific Productivity 单位生产率

补料分批细胞培养过程的比生产力计算器考虑了培养时间(天),VCD 和滴度水平,以计算早期和晚期 qP 结果。

2 CloningBench

1. 核酸浓度计算器

根据光密度计算核酸的浓度。Sample 可以选择 dsDNA、ssDNA、RNA、olig,接下来填入吸光系数、稀释体积、样本体积和吸光度,即可计算出核酸浓度。

2. 细菌生长计时器

可以确定细菌培养物达到所需光密度所需的时间。分别输入第一次和第二次的时间和吸光度,并设定想得到的 OD 值,即可计算出该 OD 值时所需要的生长时间。

3. 基因/蛋白大小估计

输入 DNA 的碱基数可得到蛋白的分子量,或从已知的蛋白质大小估计基因的大小。

4. 摩尔量计算器

将摩尔浓度转换为摩尔数,反之亦然。

5. PCR MasterMix 计算器

计算 PCR MasterMix 的组分数量。

6. 矢量插入摩尔比计算器

计算 1:1 摩尔比所需的插入量。

3 Biomath

Biomath 计算器提供了分子生物学实验必不可少的功能,包括核酸和蛋白转化,熔解温度,温度转换,摩尔浓度和稀释计算。

1. 核酸转化

dsDNA:μg-pmol

ssDNA:μg/ml-pmol/μl

Linear DNA:μg-pmol

Ligations:Molar Ratio of Insert:Vector

Nucleic Acid:OD260-μg/ml

2. 蛋白质转换

  • 蛋白摩尔与质量转换工具

  • DNA 长度与蛋白质量转换工具

3. 计算器和附加转换

  • 稀释计算器

  • 摩尔计算器

  • 温度转换工具

  • Tm for Oligos

4 Promega protocols

在这里你可以使用别人的 protocols 也可以创建自己的 protocols。

1. 主界面

2. 使用 Promega protocols

Promega protocols 包含了各种分子生物学和细胞生物学的相关实验。

下图是一个有关 PCR 的 protocol,右上角有将 protocol 保存成 PDF 的功能。

3. 编辑自己的 protocols

根据自己的实验,编辑自己的 protocols,包括 title、author、materials、interchangeable material、preparation instructions 等。

4. 计时器

该计时器可以同时进行多个倒计时。

5 Promega Colony Counter

你还在用肉眼数这平板上的菌落数吗?有了这款 app 只需用手机拍张照,就可以自动计算出平板上的菌落数啦!

1.导入图片

点击右上角「+」,并从相册导入要计数的平板照片。

2. 自动计数

3. 统计结果

没错统计平板上菌落数,就这么简单!

6 Restriction Enzyme Tool

1. 搜索限制酶

根据名称、识别序列等搜索超过 400 种限制酶。

2. 限制酶信息

查看详细信息,包括识别序列,突出,孵育温度和缓冲液中的活性百分比。

轻松找到合适的缓冲液进行双重消化。

7 Protocols.io

这是另一款有关 protocols 的 APP。在做实验时,它起着指导的作用,显示下一步实验内容是什么,并提醒你什么时候进入下一步。

1. 主界面

2. protocol

可以对需要的 protocols 进行搜索。

例如下面是一个 DNA Extraction Protocol,一共有 46 歩,每进行完一步可以在后面打勾,并且可以更改每一步的具体的实验细节。

3. 新建 protocol

还可以新建属于自己的 protocols。

4. 秒表

可以同时设定多个秒表。

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