想研究热点 lncRNA?试试 AnnoLnc 这款神器吧~
小张聊科研
现在 lncRNA 研究已成热点,每天都有很多的lncRNA被发现。
今天我们介绍一款在线数据库:
网站链接:http://annolnc.cbi.pku.edu.cn/
这个数据库界面特别简洁,小编第一看到他就如获至宝:简单明了不矫情。尤其适合英语 low low 的小编。
只要找到你研究的那条 lncRNA 序列就好啦。
下面看看它的功能
随便找一个 lncRNA:NR_002578.2
就他了!
查询 lncRNA 序列:
复制-粘贴到 Annolnc 主页面的文本框里:
GO!
不错,这条 lncRNA 是注释过的。
点击右下角 13 / 13finished:
看看,关于其基因的定位、二级结构、表达、转录调控的信息均有。
这里除了各个外显子的具体信息外,还有其他的内容。
这个分子在卵巢、结直肠、淋巴结中是高表达的。对比一下,在肿瘤中这个分子的表达量要低,估计这个分子是个抑癌基因。
接着,我们可以看到,在不同的细胞里,这个 lncRNA 受到前面这些分子的转录调控作用。设计机制,这个信息简直不能再赞啦!
同样,lncRNA 的 Sponge 作用一直是标书最常规的套路。这里预测了有 7 个(家族)的 miRNA 与该 lncRNA 结合的。
嚯,lncRNA-蛋白结合的预测结合。无比强大!
共表达正负相关基因。
总之,这个数据库还有其他功能等着大家去探究使用咯~