细胞也有身份证么?有啊,包括他的基因突变、表达、耐药,等等……要是不知道这些怎么选来做实验呢?
应该有很多童鞋都养过细胞,即使没有养过细胞,也看到过别人在文献里用各种细胞系吧……但是对于细胞系的认识,估计大家读仅限于ATCC上。其实,对于细胞系更深层的注释,其实可以在这里查到:
细胞模型护照……在这个界面上,可以直接搜索你想要的细胞系名称。或者你也能根据下面这个转盘,来选择你想要的细胞类型,特别是肿瘤细胞。比如我们搜个非小细胞肺癌的细胞系,这个就在内圈的肺癌中的NSCLC里面:
会给你们弹出一串列表,这个就是现有的非小细胞肺癌的细胞系列表:
左边的侧边栏可以根据你们的进一步需要,再进行一轮筛选:
也可以直接选,比如我们选一个A549细胞系:
这里就会显示出A549细胞系的信息,包含有该细胞系的一系列数据库,比如药物敏感性的数据库,甲基化数据库,CRISPR敲除数据库,表达谱等等。
首先会有一个总览,并且显示这些数据库的具体数据,数据都是可以下载的:
右边显示的这个词云图,其实是和A549相关的主要突变驱动基因。点击信片数据的话,可以进入类似Array Express的界面,去下载数据:
药物敏感,也是通过药物大规模筛选获得的结果:
可以按照Z score来排序,找到A549最敏感的药物,以及靶点:
其他还有类似CRISPR敲除数据库,也就是通过CRISPR技术敲除单个基因,看对细胞的影响:
以及基因融合和基因突变数据库,也就是可以浏览A549中含有的基因突变情况:
同时对同病患来源的细胞系,也有一个注释:
其实是被交叉污染了…………有兴趣就自己去尝试下吧……