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设计overlap PCR插入碱基的引物时,应该考虑以下几点:
1.选择目标序列和插入碱基的序列的区域。在设计引物时应确定插入点的位置,并确保引物与目标序列和插入碱基序列的重合部分足够长。
2.设计一对重合序列长度较长的引物,使得一个引物与目标序列的5'端重合,另一个引物与插入碱基的序列的3'端重合。这对引物将在目标序列的5'端和插入碱基的序列的3'端处生成新的片段。
3.设计另一对引物,其中一个引物与第一轮PCR生成的新片段的5'端重合,另一个引物与目标序列的3'端重合。这对引物将在第一轮PCR生成的新片段的5'端和目标序列的3'端处生成新的片段。
4.确保引物的GC含量和Tm值相近,避免引物间竞争反应。
5.检查引物是否存在自互补序列,避免不必要的反应。
6.可以使用特定的软件来确定引物的Tm值,并预测引物的特性。