通过比对数据库相似序列确定功能

【平台】BLOCKS，PRINTS数据库，PROSITE数据库

首先进行BLAST检索，如果不能提供相关结果，运行FASTA；如果FASTA也不能得到有关蛋白质功能的线索，最后可选用完全根据Smith-Waterman算法设计的搜索程序，预测蛋白质功能 整理所有肯定的结果并核对一致性 查对BLOCKS和PRINTS数据库 查对PROSITE数据库 未知序列是否包含保守序列模序是否未知蛋白质序列与已知功能的蛋白质相似确定跨膜螺旋、卷曲螺旋和前导序列

一个显著的匹配应至少有25%的相同序列和超过80个氨基酸的区段；还应注意计分矩阵(scoring matrix)的重要性。