通过预计算的比对结果确定CNS
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通过预计算的比对结果确定
CNS
运用预计算全基因
组比对的结果揭示保守区域比用户自己进行序列比对分析更快速．且准确性高。几种相关的工具可以实现这个目的。VISTABrowser(http：//pipeline．1b1．gov/cgi―bin/gateway2)可以让用户检查全基因组装配子的预计算比对结果，并可以是一对一和多序列比对。这个工具与UCSC Genome Browser紧密连接。浏览全基因组比对时，只要选择一个基础基因组，然后输入一个RefSeq基因名称或这个基因组中一个位置(如chrX：1―100000)。应注意的是，为了利用这个浏览器，Java 2一定要安装在计算机上。这个工具可以允许用户移动、缩放和分析基因组比对结果。用户可以选择或去选择单个的生物体，缩放高保守区域，或直接转到UCSC浏览器上。用户还可以直接利用rVISTA进行转录因子结合位点分析，点击“i"(alignment details)可以产生新的页面，所有一对一比对和rVISTA分析连接都呈现在上面。
ECR Brower(http：//ecrbrowser．dcode．org/)是一个动态的全基因组浏览工具，用以研究和可视化脊椎动物基因组进化关系以及分析序列保守谱。在使用ECR Brower中，选择一个参照基因组，确定基因的名称或染色体位置(chrl：from-to格式)。进化保守区域在图形上以不同颜色的峰值表示。
用X轴表示在参照基因组中的位置，Y轴表示在那个特殊位置中参照基因组和比对序列的同源性。ECR用不同的颜色来表示参照基因组中序列的特性，从而允许用户可视化地区分编码外显子(蓝色)、非转录区域(UTR，黄色)和非编码元件(基因间为红色，在内含子内为粉红色)相关的ECR，在绘图中底部轴上绿色条显示参照基因组中的重复元件的位置，在绘图的顶部注释以灰色标记，注释的基因在图形的上端用平行的蓝色线描述。
除此以外，还有些特征可以在ECR Brower窗口的顶端通过命令行来使用，“Base Genome”让用户快速选择不同的物种作为参照基因组。在"Browser Settings"，用户可以自行选择展示内容，如物种选择、图像类型、层次的数目和高度，以及检测ECR的严格度。“High light core ECRs"在350 bp宽的窗口中仅展示那些至少具77％保守的ECR。“ECR”“展示在基因组区域和所有序列中确立的ECR。“DNA"产生一个含有参照基因组全序列的FASTA格式的文件。用户也可以通过"Synteny/Alignments"得到其他物种的"syntenic区域/序列”。“SNP"列出在单个的ECR中所有的单核苷酸多态性。
