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如何确定已有目的基因的CDS在DNA上是完整的,而不是拼接得来的,即如何确定该目的基因的CDS在DNA上没有内含子的插入。

相关实验:蛋白定量技术

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dxy_efuv5i55


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3 个回答

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sswei

有帮助

内含子外显子都是相对的,在可变剪切情况下有些内含子就变成了外显子。大多数物种有基因组数据库如拟南芥的TAIR网站(www.arabidopsis.org),在数据库中搜索基因名,上面有相对准确的外显子内含子标注(可变剪切的存在导致外显子内含子并不是绝对的)

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

可以验证内含子的序列通过互补来验证是否插入

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loveliufudan

有帮助

要确定目的基因的CDS(编码序列)在DNA上是完整的,您可以采取以下步骤:

从您感兴趣的生物体中提取基因组DNA,并进行PCR扩增该基因的CDS区域。PCR扩增时,您可以选择引物位于CDS的两端,以扩增整个CDS。

将PCR扩增产物进行凝胶电泳分析,确认扩增的片段大小是否与预期一致。如果扩增产物的大小与预期一致,那么这个基因的CDS就可能是完整的。

可以将PCR产物进行测序,以确认CDS序列的完整性。您可以选择将PCR产物克隆到质粒载体上,然后进行Sanger测序,或者直接对PCR产物进行下一代测序(NGS)分析。

比对序列数据,确认CDS序列是否有内含子插入。如果存在内含子插入,CDS序列与参考序列的比对结果将会呈现不连续的区域,且不同的外显子之间会有Intron的存在。

除了以上方法,还可以使用转录组数据或RNA测序技术,通过检测目的基因的mRNA,进一步确认该基因的CDS是否完整。如果检测到mRNA,且mRNA的序列覆盖整个CDS区域,那么这个基因的CDS就可能是完整的。

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