甲基化特异PCR

甲基化特异PCR的基本原理是重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，用PCR扩增所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶，最后，对PCR产物进行测序并且与未经处理的序列比较，判断是否CpG位点发生甲基化。

此方法是一种可靠性及精确度很高的方法，能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态，但需要对大量的PCR产物测序，过程较为繁琐、昂贵。1996年Herman等在使用重亚硫酸盐处理的基础上新建了一种方法，它将DNA先用重亚硫酸盐处理，这样未甲基化的胞嘧啶转变为尿嘧啶，而甲基化的不变，随后进行引物特异性的PCR (methylation-specific PCR, MS-PCR)。

MS-PCR中设计两对引物，并要求:引物末端均设计至检测位点结束;两对引物分别只能与重亚硫酸盐处理后的甲基化或非甲基化的序列互补配对，即一对结合处理后的甲基化DNA链，另-对结合处理后的非甲基化DNA链。

检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能扩增出片段，则说明该被检测的位点存在甲基化;若用针对处理后的非甲基化DNA链的引物扩增出片段，则说明被检测的位点不存在甲基化。

甲基化特异PCR常用应用领域如下：

1. DNA甲基化与遗传印迹、胚胎发育

DN甲基化在维持正常细胞功能、遗传印迹、胚胎发育过程中起着极其重要的作用。研究 表明胚胎的正常发育得益于基因组DNA适当的甲基化。

 

例如，缺少任何一种甲基转移酶对小鼠 胚胎的发育都是致死性的此外，等位基因的抑制（allelic repression）被印迹控制区（imprinting control regions, ICR）所调控，该区域在双亲中的一个等位基因是甲基化的。印迹基因的异常表达可以引发伴有突变和表型缺陷的多种人类疾病。如Prader-Willi/Angelman综合征等。

2. DNA甲基化与肿瘤

肿瘤的发生具有多阶段、多基因的特征，是多基因遗传学和表观遗传学共同起作用的结果。在表观遗传学机制中，DNA甲基化被研究最多，也是研究最深入的一种机制。

伴随着肿瘤的发生和发展，DN甲基化异常现象在肿瘤患者的外周循环血清、血浆和尿液等体液中都可检测到。因此，利用DNA甲基化分析技术检测体液中特定分子DNA甲基化水平 是肿瘤早期诊断、病程监控和疗效评估的潜在手段，对临床肿瘤的诊治意义重大。