要做已知蛋白的蛋白质组学需要怎么处理细胞？

在保证蛋白提取效果的情况下，尽可能用简单的处理方法提取蛋白；

高丰度蛋白是质谱检测的头号大敌，在实验中要尽可能的减少引入高丰度蛋白的可能；

SDS等去污剂与后续质谱不兼容，提取蛋白时需要慎用，上质谱前必须去除；

提取出蛋白后需要妥善保管和保存蛋白液，尽量避免反复冻融导致的蛋白降解；

样本种类复杂，各类前处理方法需要灵活搭配使用。

常见的处理方法也很多，包括加入裂解液直接冰上裂解、反复冻融法裂解、加入裂解液后超声处理、SDS高温煮沸提取等。

一般来说我们会选择加入裂解液后超声处理来提取细胞蛋白，其实验步骤与动物组织类似。此类方法通常情况下，我们要求细胞量需要达到10⁶的数量级。当然，有一些新的技术方法，需要的细胞量会非常少，比如，现阶段我们常提到的微量样本蛋白质组学，能对10-1000个细胞进行蛋白质组学实验；随着蛋白质组学技术的发展，甚至能对一个细胞进行蛋白质组学分析，比如单细胞蛋白质组学等。

1.动物组织蛋白抽提

动物组织样本，首先对其进行充分的研磨，有条件的实验室也可以使用匀浆机，能够将其最大程度均质化。但是将组织进行研磨是不能让蛋白充分得到释放的，还需要用超声破碎仪将细胞全部破碎。这样细胞中的蛋白质可以充分的释放，进而提取到充足的全蛋白。

2.植物组织蛋白抽提

建议采用酚抽提法，可以去除多余杂质的干扰。研磨好植物样本之后，加入酚抽提液至离心管的1/2，常温下等待10分钟反应，再加入Tris平衡酚至离心管口，放入4℃冰箱中萃取30分钟。30分钟后，酚层与水层会进行分离，上层酚层就是我们萃取得到的蛋白质，吸取出来后使用有机试剂进行沉淀以达到去除酚的目的，得到纯化蛋白溶液。

3.微生物蛋白抽提

提取需要采用酚抽提法，可以去除多余的杂质。超声破碎之后，操作与植物的酚抽提法基本一致。加入Tris平衡酚，反应后，离心取上层。取样品粉末补充（预冷）抽提液至1ml混匀，再进行超声破碎。加入有机试剂洗去酚体系，沉淀蛋白。将沉淀的蛋白收集并且复溶离心取上清获得总蛋白溶液。

细胞样本相对较容易处理，常见的处理方法也很多，包括加入裂解液直接冰上裂解、反复冻融法裂解、加入裂解液后超声处理、SDS高温煮沸提取等。