如何查找某个基因的基因沉默序列腺病毒？

基因沉默分为转录水平的沉默（TGS）和转录后水平的沉默（PTGS）。TGS是指转基因在细胞核内RNA合成受到了阻止而导致基因沉默;对于部分植物来说,转基因引发的基因沉默可能是因为基因特异的甲基化而导致;PTGS则是指转基因能够在细胞核里被稳定地转录,但在细胞质里却无相应的mRNA存在这一现象。RNAi、共抑制、 quelling均属于PTGS。

病毒基因、人工转入基因、转座子等外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内，并利用宿主细胞进行转录时，常产生一些dsRNA。宿主细胞对这些dsRNA迅即产生反应，其胞质中的核酸内切酶Dicer将dsRNA切割成多个具有特定长度和结构的小片段RNA（大约21～23 bp），即siRNA。研究表明在生物体中siRNA具相似的结构特征：为长约21～23bp的双链RNA，具5’单磷酸和3’羟基末端，互补双链的3’端均有一个2～3nt的单链突出。

　　siRNA不仅能引导RISC切割同源单链mRNA，而且可作为引物与靶RNA结合并在RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase，RdRP)作用下合成更多新的dsRNA，新合成的dsRNA再由Dicer切割产生大量的次级siRNA，经过若干次的合成-切割循环，RNAi的作用不断放大，最终将靶mRNA完全降解。

　　SiRNA 设计的原则

　　1.从mRNA的AUG起始密码开始,寻找“AA二连序列,并记下其3端的19个碱基序列,作为潜在的SiRNA靶位点。有研究结果显示GC含量在30%-50%左右的SIRNA要比那些Gc含量偏高的更为有效。

　　2.将潜在的序列和相应的基因组数据库(人或者小鼠,大鼠等等)进行比较,排除那些和其他编码序列/ST同源的序列。例如使用BLAST。

　　3.选出合适的目标序列进行合成。通常一个基因需要设计多个靶序列的 SiRNA,以找到最有效的SiRNA序列。

要查找某个基因的基因沉默序列腺病毒，可以采用以下步骤：

确定目标基因：首先需要明确要寻找的基因是哪一个。可以通过基因名称、序列等方式确定目标基因。

搜索合适的siRNA序列：在已知目标基因的基础上，可以在公开数据库或商业供应商的网站上搜索合适的siRNA序列。siRNA是一种能够特异性沉默基因表达的分子，通常由21到25个核苷酸组成。在搜索时需要注意选择合适的靶点和siRNA序列，以确保siRNA对目标基因有特异性的靶向作用，并且不会对其他基因产生副作用。

将siRNA序列插入腺病毒载体中：将找到的合适的siRNA序列插入腺病毒载体中，构建基因沉默腺病毒载体。

体外或体内转染：将构建好的腺病毒载体转染到体外或体内的细胞中，使其表达siRNA序列，从而实现基因沉默的效果。

需要注意的是，在进行基因沉默实验时，应该设置适当的对照组，以确保实验结果的准确性和可靠性。同时，应该对实验结果进行验证，确认目标基因的表达是否真正被沉默。

先要确定沉默基因，已知的基因可以在基因网站上搜，未知的只能阅读文献然后进行实验寻找