单倍型系统发育树如何构建？

单倍型系统发育树的构建通常需要以下几个步骤：

选择适当的DNA标记：单倍型系统发育树的构建需要使用高变异性的DNA标记。不同的研究对象可能需要不同的DNA标记，例如，对于人类来说，常用的DNA标记包括线粒体DNA序列和Y染色体DNA序列。

样本采集和DNA提取：采集样本并提取DNA，确保DNA的纯度和完整性。

PCR扩增：使用适当的引物对DNA标记进行PCR扩增，并使用PCR产物进行序列测定。

序列比对：将所得到的DNA序列与参考序列进行比对，确定每个样本的单倍型。

构建发育树：使用单倍型数据进行系统发育树的构建。根据数据的不同类型和分析目的，可以选择不同的构建方法，例如，最大简约法、最大似然法、贝叶斯方法等。

评估发育树的可靠性：可以使用Bootstrap分析等方法对发育树进行评估，确定分支的可靠性和支持度。

单倍型系统发育树的构建步骤如下：

1、数据准备：基因的核苷酸序列，SNP位点，蛋白的氨基酸。

2、多序列比对：常用的软件包括MEGA，Clustal X，Muscle，Phylip。

3、选择建树方法：Distance-based methods 距离法（NJ邻接法，MP最大简约法、ML最大似然法、Bayesla贝叶斯法，推断法） 首先通过各个类型之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。

进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系。如果序列的相似性较高，各方法的结果差别不大；现在较常见的是NJ和ML模型。可根据序列相似度选择建树方法，对于近缘序列，可以用MP，MP一般不用在远缘序列上，这时一般用NJ或ML。

构建方法：

1、序列准备：

通过测序获得需要鉴定的目标菌株的序列信息，一般细菌测16S rDNA（全长大约1.5 kb左右），真菌测ITS序列（500-750 bp）。

2、将序列上传至NCBI数据库与已知菌种序列进行比较

3、根据比对结果筛选并下载10-12条比对序列

4、利用MEGA软件进行多序列比对

5、构建系统发育树：

多序列比对窗口点击Data，选择Phylogenetic Analysis，弹出窗口询问：所有序列是否编译蛋白质，根据实际情况选择Yes或No

6、发育树美化