土井挞克树
先确定时间位点
然后根据时间位点进行对比表达情况
鉴别染色质开放位点
loveliufudan
ATAC-STARR-seG是一种用于鉴定活性基因调控元件的技术。以下是大致的操作流程:
ATAC-Seq:使用启动子特异性引物,对某个细胞系进行ATAC-Seq,鉴定出开放染色质区域。
STARR-seG:使用基因启动子序列(或其他感兴趣的调控元件序列)和高通量测序技术,鉴定出与这些序列相互作用的转录因子。
ATAC-STARR-seG:将上述两个步骤相结合,将启动子序列和ATAC-Seq鉴定的开放染色质区域相结合,鉴定出与这些区域相互作用的转录因子,并评估它们对基因表达的影响。
DESeq2-based approach:使用差异分析方法,比较不同实验条件下活性STARR-seG位点的RNA输出,确定哪些位点与特定条件下的基因表达变化相关。
结果分析:通过对ATAC-STARR-seG的结果进行分析,可以鉴定出与某些调控元件相互作用的转录因子,并评估它们对基因表达的影响。
如果想要看ATAC-STARR-seG的结果,可以根据研究论文或者技术报告中给出的分析方法和结果进行分析。一般来说,这些结果包括活性STARR-seG位点的位置、与其相互作用的转录因子、RNA输出、差异分析结果等。
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