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关于ATAC-STARR-seq

相关实验:传递基因进皮肤的基因枪技术

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加勒比海岛盗比比

请求大佬解答这段文字。ATAC-STARR-seq大致是个什么操作流程?如果看结果?谢谢大佬们!

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2 个回答

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土井挞克树

有帮助

先确定时间位点

然后根据时间位点进行对比表达情况

鉴别染色质开放位点

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loveliufudan

有帮助

ATAC-STARR-seG是一种用于鉴定活性基因调控元件的技术。以下是大致的操作流程:

ATAC-Seq:使用启动子特异性引物,对某个细胞系进行ATAC-Seq,鉴定出开放染色质区域。

STARR-seG:使用基因启动子序列(或其他感兴趣的调控元件序列)和高通量测序技术,鉴定出与这些序列相互作用的转录因子。

ATAC-STARR-seG:将上述两个步骤相结合,将启动子序列和ATAC-Seq鉴定的开放染色质区域相结合,鉴定出与这些区域相互作用的转录因子,并评估它们对基因表达的影响。

DESeq2-based approach:使用差异分析方法,比较不同实验条件下活性STARR-seG位点的RNA输出,确定哪些位点与特定条件下的基因表达变化相关。

结果分析:通过对ATAC-STARR-seG的结果进行分析,可以鉴定出与某些调控元件相互作用的转录因子,并评估它们对基因表达的影响。

如果想要看ATAC-STARR-seG的结果,可以根据研究论文或者技术报告中给出的分析方法和结果进行分析。一般来说,这些结果包括活性STARR-seG位点的位置、与其相互作用的转录因子、RNA输出、差异分析结果等。

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