分子克隆测序都是载体的的序列？

说明载体没连接或者载体脱离了，需要重新连接

可能是以下原因：（1）目的基因未连上去，测序时测的是空载体；（2）挑菌的时候没挑到单克隆，菌落由空载体和连接成功的载体共同组成，测序时测到了空载体。

克隆测序就是将要测序的片段插入到克隆载体中，获取含有待测片段的质粒，然后进行测序。

在基因克隆实验中，通常会将目标基因插入载体中，然后转化到宿主细胞中进行扩增。因此，进行基因克隆测序时，我们通常会测序的是整个载体序列，而不是目标基因的序列。

这主要是因为在克隆实验中，我们使用的载体常常包含有多个元件，例如启动子、转录终止子、选择标记等等。因此，测序整个载体序列可以帮助我们确定插入目标基因的位置和方向，以及确认是否成功克隆了目标基因。另外，在一些克隆实验中，我们需要使用特定的限制酶进行酶切和连接，这可能会导致某些序列被剪切或删除。因此，测序整个载体序列可以确保插入目标基因的序列完整无缺。

此外，如果我们只测序目标基因的序列，通常需要在测序前对插入载体进行纯化和测序前处理，这可能会增加实验的复杂性和成本。因此，在实验设计时，我们通常选择测序整个载体序列，以简化实验流程和减少测序成本。

需要注意的是，如果我们仅仅测序载体而未检查目标基因是否真正插入载体中，那么我们无法确定插入的基因是否是我们所想要的，因此在实验过程中需要注意充分验证克隆结果的准确性。