预测靶蛋白的互作蛋白有哪些方法呢？除了打质谱

Co-IP，GST-Pull down和酵母双杂交是研究蛋白互做最常用的三种方法，一般常用酵母双杂交来筛选，用Co-IP和GST pull down用来验证。

一、免疫沉淀(IP)

二、酵母双杂交系统

三、免疫共沉淀（Co-IP）

四、GST-Pull Down

除了质谱（蛋白质组学）方法之外，预测靶蛋白的互作蛋白还可以使用以下方法：

1. 基于生物信息学的方法：利用已知的蛋白质相互作用数据库和算法，通过蛋白质序列、结构、功能等信息进行预测。例如，使用蛋白质互作数据库如STRING、BioGRID和Interactome等进行预测分析。

2. 基于结构的方法：通过蛋白质的三维结构信息，如蛋白质结构预测、蛋白质复合物预测等来推断靶蛋白的互作蛋白。这包括基于蛋白质结构的模拟、蛋白质结构域与域之间的互作等方法。

3. 基于基因组学的方法：通过基因组学数据，如基因表达数据、基因调控网络、共表达网络等，推断靶蛋白的互作蛋白。这些方法可以通过分析基因组学数据中的共现性、相关性和模式等信息来进行预测。

4. 基于文献挖掘的方法：通过系统地分析已发表的科学文献中关于蛋白质相互作用的信息，利用文本挖掘和自然语言处理技术来推断靶蛋白的互作蛋白。这包括利用文献关系数据库如PubMed和文献挖掘工具如Textpresso等进行分析。