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多肽浓度会比蛋白浓度还要高的原因?

相关实验:解析多肽分离实验

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丁香实验

最近在做ITRAQ的实验,提取蛋白定量后酶解(1:50),然后检测多肽的浓度,但是我发现,检测多肽吸光度时所检测到的吸光度值经过标曲(标曲的R2都是在0.99以上)换算之后,所得的多肽的质量要比原来刚开始加的蛋白的质量还要大。
举个例子:我刚开始加的蛋白量为100ug,但是过夜酶解后,检测多肽浓度,换算后所得的多肽质量要超过100ug,请问各位这是怎么回事?理论上蛋白酶解只是把它酶解成小的片段,质量怎么回变得多呢? 检测多肽浓度用的是Thermo Pierce的试剂盒

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16 个回答

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JCorona

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原因:1.蛋白质具有三级结构,许多折叠、卷曲的部位往往无法被检测到,造成检测值偏低,酶解后许多被隐藏的信号释放到表面,检测值趋近于真实值;2.酶本身也是蛋白质,若是酶的添加量过多,则酶会催化自身水解,造成多肽量增多
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医往情深丁香园

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这时候要考虑是不是样品有问题了,如果超过的不是很多,其实也正常。
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内科小护士

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是否自己酶解时加的酶过饱和,当完全切开目的蛋白后,加入的蛋白酶过量,然后去测吸收值时,蛋白酶也会有吸收峰。
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红格子一号

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检测原理不一样啊,多肽侧链全部暴露。会高一些
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jey1235

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要明白一个道理,蛋白在保持结构的过程中会有疏水面折叠在内部,实际检测的信号就是surface信号。但是peptide就不一样了,基本不具有三级结构,所以侧链全部暴露。当然你测到的浓度会高于来源的蛋白了。这是正常的。理想情况下上二者的质量不会有变化。不需要担心
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ZZDX-YILILI

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我理解的是,二者真正的检测原理不一样,蛋白质是利用碱性条件下,铜离子熬和成复合物,在562下检测吸光值。蛋白检测多肽是根据肽键的吸光值来检查的。
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dxy_bq4uxnd

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多肽浓度比蛋白浓度大应该是正常的吧,更多氨基酸被暴露出来后,检测浓度是会有增长的。
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verbalkint

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过夜酶解加的那个酶,给它降解了吗?没有的话它也是蛋白啊,会被检测到的,总的蛋白浓度当然上去了
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dxy_h7vcp8v3

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肽含量酶解后变高。。首先检查,是否自己酶解时加的酶过饱和,当完全切开目的蛋白后,加入的蛋白酶过量,然后去测吸收值时,蛋白酶也会有吸收峰。建议,确定酶解时切割酶的效率,不宜加过饱和。其次,可能自己第一次测蛋白质含量的时候,没有完全混匀取样,没有测得真实浓度,而第二次测多肽测的了真实浓度,所以导致了偏差。最后,建议多种方法测量,可以使用Nano,最后对比。
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dxy_pni5ki46

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不知道用的试剂盒是不是bca,如果是bca的话多肽的检测值是很高的。我们之前做bca的话多肽检测的蛋白含量都超级高,可能是由于bca法是蛋白质还原二价铜,我们推测是酶解成多肽后还原性大大增强了
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Guoood

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你用的是什么酶去水解呢?需要除外蛋白水解酶是否有杂质,也可能会影响到水解后多肽的浓度。
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bamboopiggy

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你蛋白定量用的是什么试剂盒?还是直接nanodrop 280nm测?如果是用nanodrop就会存在你的蛋白含不含色氨酸、酪氨酸等具有苯环结构的氨基酸残基,如果含则苯环结构则在280nm处有高吸收峰,蛋白含量会高。如果不含,则无法检测的含量就低。然后你再用不同的方法去测多肽,测出来的量就可能比蛋白的含量高。
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dxy_4uyyu09r

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超过了多少?如果非常多,并且你测的浓度也是准确的情况下,这时候要考虑是不是样品有问题了。如果超过的不是很多,其实也正常
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cathyxjjxjj

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蛋白酶解成多肽,有可能使紫外基团暴露出来,吸光度信号比较高也正常,校准曲线也要用多肽定量
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vae1476

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蛋白纯度有看过吗?会不会引入了杂质,另外酶会有残留吗?酶也是蛋白,可以引入对照组排除干扰
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飞天幻雪

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有可能你这个蛋白进行酶切以前就有降解或者样本中存在一定比例的多肽。这样你切完蛋白以后再次检测,很容易就会出现比蛋白量还要多的情况。当然这一切都是建立在你蛋白和多肽浓度测的都是非常准确的情况下,建议多做几个重复看看!
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