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人源对应的与大鼠环状RNA怎么找

相关实验:用T4 RNA 连接酶连接 RNA 分子

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星舟0316

请问一下各位大佬,从人的样本中分析出差异表达circRNA,怎么找对应的大鼠的circRNA呢

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2 个回答

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土井挞克树

有帮助

可以在circRNA数据库如circBase中进行查找。

进入circBase,输入种属及查询的rna序列就可以选择了

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星舟0316user-title

我在circbase种属中只能看到小鼠的,请问大鼠的RNA序列怎么看,有教程吗求分享!

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loveliufudan

有帮助

要找到人和大鼠之间的cirRNA的同源性,可以采用比对序列的方法。首先需要获取人和大鼠的cirRNA序列,可以通过NCBI等数据库查询得到。然后,可以使用基因组比对软件(如BLAST,Bowtie等)将人的cirRNA序列比对到大鼠基因组上,找到大鼠中与之相似的cirRNA序列。此外,还可以通过RNA序列比对软件(如STAR,HISAT2等)比对转录组数据,找到人和大鼠中差异表达的cirRNA序列。总之,通过序列比对可以找到人和大鼠之间的cirRNA同源性,并确定差异表达的cirRNA序列。

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