在做分子对接，为什么xyz轴的数据都是0

很大可能是使用的软件出错，建议重启软件。

考虑以下几点原因:

1.软件出错，建议重装软件试试。

2.考虑光栅尺失去连接或接口松了或控制器出错/坏了等。

3.读数头偏位等。

几点建议:

1. 使用AutoDock工具或其他软件先观察receptor蛋白和ligand的大概结合位点和方向,估计合适的中心坐标。

2. 设置一个较小的搜索空间box,例如先用10×10×10或20×20×20安士,之后再扩大。

3. 确保加载的pdb文件格式正确,没有残留奇怪字符。使用pdbqt格式。

4. 仔细检查参数设置,例如消旋电荷(charges)、自由度(torsions)等。

5. 首先进行理想化的小分子对接,验证程序安装和参数设置无误后,再进行实际的复杂对接。

6. 多做些“ide test run"来寻找最佳参数,有利于得到较好结果。

7. 确保AutoGrid的map文件准备好,box尺寸要与docking对应。