活在当下的我
大家好,最近在学习设计引物,设计某基因引物后进行BLAST的时候出来了一些其他基因,不过这些product length 差不多都1000多或者60几,或者如下图的650,请问会有影响吗?
bamboopiggy
一般问题不大,只要遵循了qpcr引物设计的原则,并且出来的melt curve是单峰,就可以用
活在当下的我
嗯嗯好的,谢谢。我就是有点担心在验证的时候出来了一些其他基因,会不会有影响?
huarenqiang5
你这个没有什么影响,引物设计主要考虑以下因素:如引物长度(primer length),产物长度(product length),序列 Tm 值 (melting temperature),引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability, 用 ∆G 值反映),形成引物二聚体(primer dimer)及发夹结构(duplexformation and hairpin)的能值,在错配位点(false priming site)的引发效率,引物及产物的GC 含量(composition),等等。必要时还需对引物进行修饰,如增加限制性内切酶位点,引进突变等。
毛利小五郎的徒弟
没有太大的影响,引物的设计需要考虑多方面因素,长短只是一方面。
活在当下的我
请问意思是这个引物这方面问题可以忽略,如果其他方面可以的话是可以用的吗?