用山羊的cDNA为模板克隆，为什么blast结果会得到鹿的染色体？

第一，你要在前面进行blast的界面，有一个选择物种的地方，手动输入自己物种。选择物种之后再进行对比这样一般没有其他的物种了。

第二，确实有些基因组有一些相似性。你不能完全忽略。

这个小程序图片没法放大，我看不清楚你blast的结果中，有没有和山羊的match。是不是你克隆出来的结果，可以同时比对到山羊和鹿上？

估计是你的引物特异性不好，你设计完引物用ncbi的blast检验一下，如果特异性是100%就行，如果特异性不好就容易出现这种情况。