做qpcr 时候设计引物一定要垮内含子嘛？

你直接从参考文献，或者网上找引物就好，自己设计太麻烦，并且出问题多，设计qpcr的引物的时候，跨内含子，是为了排除genomic DNA 的污染

你的意思是引物设计在两个外显子的连接点上吧？其实可以把两条引物分别在两个外显子上，这样应该会比较好

为了避免提RNA时残留基因组的干扰，还是要跨内含子设计，引物若跨内含子的话,引物仅能以3'端的一小部分结合基因组DNA,这样的话Tm会很低.在较高的退火温度下,引物几乎无法和基因组DNA结合来引发聚合,而主要是与能够完全配对的cDNA结合并引发反应.

是的，垮内含子是为了避免基因组dna的影响。

因为模板是mRNA，用来检测基因的表达量，mRN A经过修饰后没有内含子。避免基因组dna的影响。荧光定量pcr的扩增区段比较小，也就200bp左右，而且一般以cdna为模板。如果不注意引物设计的话，很可能落在同一个外显子内。此时，无论cdna还是基因组dna都会给出同样的信号，也就是说定量会出现误差。如果引物跨内含子，则cdna会给出信号，而基因组dna由于引物无法完全配对而没有信号，也就避免了基因组dna的影响。