Miracle星
出现多条条带表示PCR反应的特异性不高,可以进行如下优化尝试:
1.适当提高PCR的退火温度。退火温度越高,DNA分子之间的配对越困难。这样可以减少引物与模板之间非特异性的结合。
2.检查一下引物的Tm值和序列结构,如果引物Tm值过高,上下游引物Tm值相差太大,或者引物单链易形成高级结构,都不利于PCR反应。必要时重新设计引物。
3.检查一下模板纯否。模板越纯,条带越特异。反之模板杂乱(例如cDNA文库)就容易引起非特异性条带。
4.如果模板和引物无法改良,可以选用更好的聚合酶产品。高保真和高活性的酶更容易得到特异性条带。
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两种方法,第一是设计引物时,在NCBI上进行预测
第二是设计温度梯度,在多个温度进行PCR并比较结果
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可以做温度梯度,设置一个annealing temperature的温度梯度,找到可以跑出一条带的温度,
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