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单细胞转录组测序需要高质量的细胞核悬液才能得到可靠的结果。以下是一些具体要求和质控步骤:
细胞核悬液的纯度要高:细胞核悬液中含有其他细胞成分或杂质会影响转录组测序的准确性。因此,在准备细胞核悬液时,应当尽量避免携带细胞质等其他成分。
细胞核悬液的完整性要好:细胞核悬液的完整性对于单细胞转录组测序来说非常重要。破损的细胞核会导致RNA的降解,从而影响测序结果的准确性。因此,在准备细胞核悬液时,应当尽量避免使用过度消化或过度刺激的细胞。
RNA的质量要好:对于单细胞转录组测序,RNA的质量也非常重要。RNA的降解或质量不佳会导致测序结果的偏差或错误。因此,应该在制备细胞核悬液之前检查RNA的质量,例如使用琼脂糖凝胶电泳或生化分析仪等方法。
选择合适的细胞:不同类型的细胞可能会对细胞核悬液的质量产生影响。例如,血液中的红细胞可能会释放出大量的RNA,影响转录组测序结果的准确性。因此,在选择细胞时,应该尽可能选择纯化程度高、样本来源单一的细胞。
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为保证后续单细胞实验的顺利进行,需要对细胞悬液进行严格质控。为保证单细胞样品活性,建议用新鲜组织制备单细胞悬液,如果取样后无法立即进行试验,可将组织保存在组织保存液中(MACS Tissue Storage Solution),4℃保存,48小时内进行消化。
质控参数:
细胞活率>90%;
细胞结团率<5%;
活细胞浓度范围: 300-600 cells/μl
细胞直径范围: 5-50μm;
有核率>70%。
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