单细胞组学与传统组学比较的优势和劣势是什么？

单细胞组学和传统组学是两种研究细胞和组织的方法，它们具有一些不同的优势和劣势。

单细胞组学的优势：

1. 细胞异质性解析：单细胞组学能够分析单个细胞的基因表达和基因组信息，揭示细胞群体内的异质性和细胞类型的多样性，从而更好地理解细胞发育、分化和功能。

2. 检测罕见细胞类型：单细胞组学可以检测和分析罕见细胞类型，如干细胞、癌细胞亚克隆或少数细胞亚群，这些细胞在传统组学研究中可能被掩盖或无法检测到。

3. 发现新的细胞类型和状态：通过单细胞RNA测序等技术，可以发现以前未知的细胞类型和状态，有助于解析细胞组成和功能的复杂性。

4. 动态变化的研究：单细胞组学可以捕捉和分析细胞在不同发育阶段、疾病进程或治疗过程中的动态变化，提供更精细的时间和空间解析度。

传统组学的优势：

1. 细胞组织结构信息：传统组学方法如组织切片和免疫组化可以提供细胞组织结构的信息，包括细胞定位、组织亚结构和细胞—细胞相互作用等。

2. 组织总体视角：传统组学方法对大规模组织样本的处理更高效，能够提供组织总体水平的信息，如基因表达谱、蛋白质组学和代谢组学等。

3. 高通量数据产出：传统组学方法常常具有更高的样本通量，可以同时处理多个样本，适用于大规模队列研究和临床样本分析。

4. 数据分析方法成熟：传统组学的数据分析方法和工具较为成熟，研究人员可以使用广泛验证的方法进行数据处理和解读。

单细胞蛋白组技术不仅可以检测培养单个细胞胞外分泌的细胞因子；也可以检测单细胞水平胞内蛋白。传统检测细胞内磷酸化蛋白方法之一是流式细胞术，进行表面抗体标记分型细胞再进行细胞固定破膜，让荧光抗体进入细胞内标记胞内磷酸化蛋白。实验步骤较繁。单细胞胞内磷酸化蛋白质组解决方案针对每个芯片中500-1500个单个细胞，分析每个细胞多达15种磷酸化蛋白。一般流式检测胞内磷酸化蛋白靶标只能是2-5种。单细胞检测系统避免了复杂流式配色panel的设计，不需要研究人员进行优化，可立即使用 。

优势：1、降低PCR扩增偏倚，使得单细胞中93%的基因组能够被测序。这种方法使得检测单细胞中较小的DNA序列变异变得更容易，因此能够发现个别细胞之间的遗传差异。这样的差异可以帮助解释癌症恶化的机制，生殖细胞形成机制，甚至是个别神经元的差异机制。

　　2、灵敏度高:单细胞、单染色体或0.5pg的基因组DNA即可进行扩增。

　　3、扩增均匀性显著优于其它技术，测序数据可进行CNV分析，用于21三体等染色体变异检测。

　　4、扩增产物用途广泛:可用于二代测序、微阵列、qPCR、基因克隆。

劣势：1. 没有“生物学重复”

对于单细胞RNA-seq来说，每个细胞就是一个样本，而每个细胞都是唯一的，无法复制；但可以通过一些聚类算法将表达类似的细胞进行整合分析

2.基因0表达

从生物学上来说，可能因为每个细胞本来表达的基因数量就不多，导致大部分基因表达量都为0；同时，也可能因为技术问题（如PCR扩增不均匀或基因 dropout）

3.批次效应

使用不同测序技术对相同细胞进行测序时可以观察到批次效应，因此，如果没有正确的标准化，可能会得到错误的结论