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PCR反应中的dUTP标记混合物是biotin-11-dUTP
土井挞克树
DNA pull down是一种研究DNA与蛋白互作的方法。其原理是:生物素标记的DNA 片段结合在链霉亲和素磁珠上,再与核蛋白孵育,从而捕获并纯化出与DNA 片段互作的蛋白。
操作步骤:
1.探针制备:
a.对于研究的启动子靶标区域比较明确,且长度较短的DNA片段,可以直接合成并标记上生物素作为pull down探针。
b.对于研究的启动子靶标区域没具体预测区域,一般针对基因上游2000bp序列设计引物,并标记上生物素;然后通过PCR扩增的方式钓取基因上游2000bp序列,回收纯化后作为DNA pull down的探针。
2.样本前处理
a. 用1ml Cell lysis buffer重悬(10^7细胞);冰上孵育10min,(5000g,4°,5min)离心,弃上清。
b. 加入2/3细胞体积的 Buffer B 悬浮细胞,超声5s裂解细胞。4℃,10,400× g for 5 min离心5min;取上清。
c. 用Buffer D稀释步骤b的上清液,-80℃冻存备用
3.Dynabead™ MyOne™ 链霉素亲和素 C1预处理:
a. 涡旋震荡磁珠40s,混匀磁珠
b. 分装60ul磁珠的1.5mL离心管中;
c. 磁力架上放置1min,弃上清;
d. 用1mL1X B&W Buffer洗涤磁珠3遍;
e. 用60ul2X B&W Buffer悬浮磁珠;
f. 加入60 pmol生物素标记DNA(1ug);室温颠倒孵育15 min;
g. 磁力架上放置3min,去上清
h. 用60 μL 1X B&W Buffer 洗涤3遍;
i. 用60ul 1× B/W buffer( without NaCl)洗涤一遍
4.DNA pull down
a.制备binding reaction:加入100 µL 5× EMSA buffer 及包含100 µg 核蛋白 的上清液 ;补水至 500 µL.
b. 加500ul binding reaction到磁珠中;常温翻转20min
c.磁力架上放置1min,弃上清;
d.用wash buffer 洗涤3遍。
e.回收产物,进行后续WB验证或质谱鉴定。
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