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DNA Poll down实验哪位大神做过

相关实验:DNA 序列分析技术

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dxy_cev40hdw

做了好几次一直没做出来,请问大家实验条件如何设置,救救孩子吧

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2 个回答

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你好几和户

有帮助

PCR反应中的dUTP标记混合物是biotin-11-dUTP

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土井挞克树

有帮助

DNA pull down是一种研究DNA与蛋白互作的方法。其原理是:生物素标记的DNA 片段结合在链霉亲和素磁珠上,再与核蛋白孵育,从而捕获并纯化出与DNA 片段互作的蛋白。

操作步骤:

1.探针制备:

a.对于研究的启动子靶标区域比较明确,且长度较短的DNA片段,可以直接合成并标记上生物素作为pull down探针。

b.对于研究的启动子靶标区域没具体预测区域,一般针对基因上游2000bp序列设计引物,并标记上生物素;然后通过PCR扩增的方式钓取基因上游2000bp序列,回收纯化后作为DNA pull down的探针。

2.样本前处理

a. 用1ml Cell lysis buffer重悬(10^7细胞);冰上孵育10min,(5000g,4°,5min)离心,弃上清。

b. 加入2/3细胞体积的 Buffer B 悬浮细胞,超声5s裂解细胞。4℃,10,400× g for 5 min离心5min;取上清。

c. 用Buffer D稀释步骤b的上清液,-80℃冻存备用

3.Dynabead™ MyOne™ 链霉素亲和素 C1预处理:

a. 涡旋震荡磁珠40s,混匀磁珠

b. 分装60ul磁珠的1.5mL离心管中;

c. 磁力架上放置1min,弃上清;

d. 用1mL1X B&W Buffer洗涤磁珠3遍;

e. 用60ul2X B&W Buffer悬浮磁珠;

f. 加入60 pmol生物素标记DNA(1ug);室温颠倒孵育15 min;

g. 磁力架上放置3min,去上清

h. 用60 μL 1X B&W Buffer 洗涤3遍;

i. 用60ul 1× B/W buffer( without NaCl)洗涤一遍

4.DNA pull down

a.制备binding reaction:加入100 µL 5× EMSA buffer 及包含100 µg 核蛋白 的上清液 ;补水至 500 µL.

b. 加500ul binding reaction到磁珠中;常温翻转20min

c.磁力架上放置1min,弃上清;

d.用wash buffer 洗涤3遍。

e.回收产物,进行后续WB验证或质谱鉴定。

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