有没有大神做跳跃外显子形成的circ

小栗子lhh98

2022-07-05

在验证环状上遇到问题了，测序发现把组成这个circ的外显子中间不构成这个circ的外显子给扩增出来了，但是juctio n在。但是以gDNA和cDNA为模板的时候发现circ以gDNA为模板也可以跑出条带了，是不是我把不构成这个circ的外显子扩增出来的原因才导致它以gDNA为模板也可以跑出来条带？求助！

1 个回答

Eason老歌迷

2022-07-06

有帮助

可能是起始外显子和终止外显子之间有多个内含子和外显子。预测环状RNA时，只能够确定起始外显子和终止外显子，却不能确定在该circRNA中间到底有哪几个外显子，而且到底包不包含内含子序列，由于可变剪切的存在，可能存在多个外显子，也可能包含内含子，是不能够准确的提取circRNA对应的序列；能够做的只是将包括起始外显子和终止外显子以及之间的所有外显子连起来作为circRNA的序列。