蛋白测序与mRNA测序具体应用方面有啥差别？

这个要根据你的实验目的，比如在研究DNA甲基化或者转录水平的调控时，只检测mRNA表达就可以了，但要研究某个基因功能的时候，通常要用到的过表达敲低技术时，检测其蛋白的表达将会比检测mRNA更有说服力，因为只有该基因表达成蛋白了，才能行使其生物学功能，从而对下游基因或细胞产生影响。对于检测临床标本或者动物组织中的基因表达，如果同时检测mRNA和蛋白并得到一致的结果将会更有说服力。

这个还是根据你的实验目的，如果是做调控，做rna-seq的多，如果是看差异蛋白，这个还是要做蛋白质组。当然两个都做，更能互相印证。