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ChIP-Seq分析常见问题集锦

染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)是指对染色质免疫共沉淀(ChIP)获得的DNA片段进行大规模测序,并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。Roche GS FLX Titanium 、Illumina Hiseq2000和AB SOLID 4 这3种测序技术均可以用于ChIP-seq,其中采用Illumina Hiseq2000进行ChIP-Seq已有较多文献报道。ChIP-Seq技术高质量、高通量、低成本的数据产出,为表观遗 ...

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ELISA试剂盒检测过程中的注意事项

ELISA的实验操作所要求的条件是比较严格的,无论是对实验的硬件条件还是对实验的操作人员的技术要求,都是如此。因此在做ELISA实验时,一定要注意以下几点。一、ELISA实验通用规则1、要保证移液枪的准确性,误差不能超过2%。可用水和电子天平进行确定。但最好有专业人员进行矫正。2、要配备20ul、50ul、100ul、1000ul和排枪各一支。吸取不同的液体后,要更换枪头。即使是吸取标准品时。3、要在实验前1小时将试 ...

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WB实战指南(五)之 难点:抗体孵育进阶篇

抗体孵育:进阶篇:首先,抗原抗体识别原理的物理学解释,抗体孵育过程实际上就是一个竞争结合的动力学过程。由于抗原和抗体特异性结合的效率是非特异性结合的数百万--数十亿倍,所以当特异性抗体与非特异性'抗体'(不好描述,指添加在抗体稀释液中的封闭蛋白,我们可以把它们看成非特异性的一抗)竞争时,尽管抗体稀释液中封闭蛋白的浓度是一抗浓度20K:1以上,在碰撞几率相同的条件下,由于时间的积累加孵育过程中反复漂洗(孵育抗体要摇晃, ...

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攻略:免疫荧光实验方法中需要注意的环节

免疫荧光方法中的重要环节1、冰冻切片制备:建议用新鲜组织,否则组织细胞内部结构破坏,易使抗原弥散。选用干净锋利的刀片、组织一定要冷冻适度等,防止裂片和脱片严重。2、组织切片固定:切好片风干后立即用冰丙酮等固定液进行固定5-10min,尤其要较长时间保存的白片,一定要及时固定和适当保存。3、血清封闭:为防止内源性非特异性蛋白抗原的结合,需要在一抗孵育前先用血清(与二抗来源一致)封闭,减弱背景着色。血清封闭的时间是可以调 ...

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通过序列设计解决关于多肽的一些问题

多肽是由复杂分子组成的化合物,每一条序列都有其独特的化学和物理属性。除了有些多肽难于合成,大多数多肽相对容易合成,但是纯化可能较困难。很多肽水溶性较差,因此在纯化时,这些疏水性多肽常常需要溶解在有机溶剂或者特定的缓冲溶液中。这些有机溶剂或者缓冲溶液有时并不适合生物学等方面的实验,所以客户就不能用这些多肽进行研究工作。因此,当接到多肽的订单时,我们会对这些多肽序列进行分析,以确定是否难以合成或水溶性的问题。针对一 ...

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酶免疫组化关键环节技术要点

酶免疫组化的关键环节1、标本固定:固定的目的是①防止标本从玻片上脱落;②除去防碍抗原—抗体结合的类脂,使抗原抗体结合物易于获得良好的染色结果;③固定的标本易于保存。固定液的选择和固定时间的决定具体见: http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=68&id=12551952&sty=3&keywords=%B9%CC%B6%A8%D2%BA+%D1%A1%D4%F12、脱水、石蜡包埋和制片:脱水用梯度乙醇(由低到高 ...

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WB实战指南(四)之 难点:抗体孵育

抗体孵育——WB真正的难点:抗体的使用是一种艺术,一种抗体一个脾气。对WB结果有决定性影响的因素是抗体的效价和如果正确使用手中的抗体。无论你如何提高自己的转膜技术,高效和低效之间往往只有数倍的差异,而抗体的效价可以差数千倍以上;同样,正确使用抗体可以保证抗体效价不被过分的拮抗,谋求特异性和非特异性背景之间差异的最大化。封闭最短可以缩减到5min:很多人把高背景或者黑板,认定为封闭不充分,其实这也是没有吃透WB(说 ...

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DNA 提取常见问题

抗体孵育——WB真正的难点:抗体的使用是一种艺术,一种抗体一个脾气。对WB结果有决定性影响的因素是抗体的效价和如果正确使用手中的抗体。无论你如何提高自己的转膜技术,高效和低效之间往往只有数倍的差异,而抗体的效价可以差数千倍以上;同样,正确使用抗体可以保证抗体效价不被过分的拮抗,谋求特异性和非特异性背景之间差异的最大化。封闭最短可以缩减到5min:很多人把高背景或者黑板,认定为封闭不充分,其实这也是没有吃透WB(说 ...

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SDS-PAGE_的准备流程超详细

SDS-PAGE_的准备流程超详细:SDS-PAGE_的准备流程视频本视频来自youtube

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垂直电泳槽灌胶演示

放置凝胶三明治夹的竖板使之定位更准确_“扣紧-放开的专利设计_透明门便于观察 取下凝胶三明治夹时无滴水

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基因枪通用配件使用

基因枪的工作原理很简单。小的时候,我们都打过预防麻疹、小儿麻痹等病毒的疫苗,这其实是一种预防接种疗法。但是,注射的疫苗属于活生生的病原体微生物,其生产成本高昂,注射方式复杂,尤其不适用于危险系数极大的致命病毒。后来,科学家们又开创了通过摘除特定DNA片断抑制或根治疾病的基因疗法。从理论上说,切除某个DNA片断,等于从生物学上抹煞了相应致病因素发作的可能。但临床实验证实,人体免疫系统对于基因疗法呈现出排斥反应。

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如何用凝胶成像分析系统测分子量

“凝胶成像分析系统由摄像与分析两部分组成。凝胶分析软件重要功能之一即测定计算凝胶条带样本的分子量。Dolphin-1D全自动凝胶成像分析软件是美国Wealtec公司为Dolphin系列凝胶成像分析系统开发的高端凝胶分析软件,下面我们通过这个视频来一同了解一下如何使用Dolphin-1D软件来计算样本分子量。”“ 想要亲手操作感受一下Dolphin 1D么?请向我们索取Dolphin 1D软件DEMO试用版:扫描下方二维 ...

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利用沃特世Prep 150 LC系统分离银杏叶中的黄酮类化合物

Andrew Aubin沃特世公司(美国马萨诸塞州米尔福德)简介银杏叶入药治疗多种疾病的历史可追溯千年之久。银杏叶提取物中含有多种活性化合物,尤其富含黄酮类化合物,主要为槲皮素、山柰酚和异鼠李素。通常来说,天然产物的纯化目的是将可能具有生物活性的单一化合物成分分离出来。分离出的这些化合物累积到足够量后即可应用于多种用途,例如标准品的制备,或供其它研究使用(如,临床试验,生物检测等)。所有分离出的化合物都需要达到尽可能 ...

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湿式转印槽使用教程

湿式转印槽可快速、高质量地转印小型凝胶。作为电泳系统的一个组件,小型转印槽能容纳2个凝胶三明治转印夹, 用于在 电泳槽内电转印两块小凝胶。

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水平电泳槽灌胶过程方法

水平电泳槽水平电泳槽由于一般使用琼脂糖凝胶,又称“琼脂糖”水平电泳槽;同时因凝胶需浸没在缓冲液内,也称“潜水式”或“浸没式”水平电泳槽。? 水平凝胶在核酸分析方面有许多优势,是分子生物学研究的主要工具,可鉴定、分离、制备DNA,并可以测定DNA的分子量

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寻找KO的阳性克隆——Cruiser™酶

近年来,ZFN、TALEN、CRISPR/Cas9等基因组编辑技术可谓是层出不穷,尤其是CRISPR/Cas9,一出现便在全球范围内掀起一股热潮。同时,各大公司也开发出一系列相应的产品,其中一种至关重要的就是基因敲除阳性克隆筛选的试剂。目前,市面上只有Genloci的CruiserTM、Transgenomic的SURVEYOR和NEB的T7EI这三种产品和测序这种方法,被用于基因敲除阳性克隆的筛选。然而,SUR ...

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分子生物学实验室常用仪器使用方法与保养

分子生物学操作中会涉及一系列仪器,使用不当导致实验失败、减少仪器使用寿命或损坏仪器。因此在进行操作前细致地了解各种仪器的使用方法及注意事项,是使后继实验事半功倍的一个必要准备。冷冻离心机低温分离技术是分子生物学研究中必不可少的手段。基因片段的分离、酶蛋白的沉淀和回收以及其它生物样品的分离制备实验中,都离不开低温离心技术,因此低温冷冻离心机已成为分子生物学研究中必需的重要工具。使用方法:1.离心机应放置在水平坚 ...

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WB实战指南(三) 之 转印

转印——转印效率对WB结果的影响并不如书本和网络上宣扬的那么大!首先必须澄清的是,很多时候新手会把WB结果无信号归咎于转膜不够充分,实际上转膜效率对最终结果的影响所占比重并不高,真正取决定性因素的是抗体识别能力的强弱,以及如何正确使用抗体,这个问题下节讨论。有一个简单的例证,Biorad提供的3mm厚滤纸初次使用时,通常转膜效果不理想(从预染的marker深浅可知),但对多数一般丰度的蛋白的检测没有任何影响(建 ...

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WB实战指南(二) 之 蛋白质电泳

蛋白电泳:电泳胶的制备、配方、缓冲液配方,请参考分子克隆。经验之谈,8%胶最底边约36KDa,10%最底边约25KDa,12%最底部约12KDa。8%胶可以跑300KDa-36KDa之间的任意蛋白,转膜效率对WB结果的的影响都问题不大。12%,180KDa左右,转膜效率对WB结果的影响都问题不大(300KDa蛋白如何,没有尝试过)。电泳一般采用恒流,45mA-55mA(应根据电泳仪器适当调整,要注意仪器最高限压;此条件适合g ...

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WB实战指南(一) 之样品制备

一、样品制备:1、变性条件——SDS LB直接裂解:用常温或者高温预热过(预热更有利于阻止蛋白水解或者磷酸酶去磷酸化,但容易遗忘,LB久煮某些性质会改变)的undefinedSDS LB(或者略高1.undefined)直接加到细胞或者组织上并煮样。通常6孔板细胞80%以上密度,需200ul,其他按平板面积比类推。通常条件下,SDS LB都是过量的(因此不一定要严格参考SDS LB稀释比);如果SDS LB不够,样品核酸、蛋白浓度过高时,煮样后会发现tip吸不上来,非常粘 ...

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