请帮着Blast一下我设计的引物合适吗? 紧急,谢谢!!!
丁香园论坛
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我打算用人的heme oxygenase-1cDNA做目的基因做基因治疗.用RT-PCR从mRNA得到我的目的基因.
heme oxygenase-1基因序列如下:
1 tcaacgcctg cctcccctcg agcgtcctca gcgcagccgc cgcccgcgga gccagcacga
61 acgagcccag caccggccgg atggagcgtc cgcaacccga cagcatgccc caggatttgt
121 cagaggccct gaaggaggcc accaaggagg tgcacaccca ggcagagaat gctgagttca
181 tgaggaactt tcagaagggc caggtgaccc gagacggctt caagctggtg atggcctccc
241 tgtaccacat ctatgtggcc ctggaggagg agattgagcg caacaaggag agcccagtct
301 tcgcccctgt ctacttccca gaagagctgc accgcaaggc tgccctggag caggacctgg
361 ccttctggta cgggccccgc tggcaggagg tcatccccta cacaccagcc atgcagcgct
421 atgtgaagcg gctccacgag gtggggcgca cagagcccga gctgctggtg gcccacgcct
481 acacccgcta cctgggtgac ctgtctgggg gccaggtgct caaaaagatt gcccagaaag
541 ccctggacct gcccagctct ggcgagggcc tggccttctt caccttcccc aacattgcca
601 gtgccaccaa gttcaagcag ctctaccgct cccgcatgaa ctccctggag atgactcccg
661 cagtcaggca gagggtgata gaagaggcca agactgcgtt cctgctcaac atccagctct
721 ttgaggagtt gcaggagctg ctgacccatg acaccaagga ccagagcccc tcacgggcac
781 cagggcttcg ccagcgggcc agcaacaaag tgcaagattc tgcccccgtg gagactccca
841 gagggaagcc cccactcaac acccgctccc aggctccgct tctccgatgg gtccttacac
901 tcagctttct ggtggcgaca gttgctgtag ggctttatgc catgtgaatg caggcatgct
961 ggctcccagg gccatgaact ttgtccggtg gaaggccttc tttctagaga gggaattctc
1021 ttggctggct tccttaccgt gggcactgaa ggctttcagg gcctccagcc ctctcactgt
1081 gtccctctct ctggaaagga ggaaggagcc tatggcatct tccccaacga aaagcacatc
1141 caggcaatgg cctaaacttc agagggggcg aaggggtcag ccctgccctt cagcatcctc
1201 agttcctgca gcagagcctg gaagacaccc taatgtggca gctgtctcaa acctccaaaa
1261 gccctgagtt tcaagtatcc ttgttgacac ggccatgacc actttccccg tgggccatgg
1321 caatttttac acaaacctga aaagatgttg tgtcttgtgt ttttgtctta tttttgttgg
1381 agccactctg ttcctggctc agcctcaaat gcagtatttt tgttgtgttc tgttgttttt
1441 atagcagggt tggggtggtt tttgagccat gcgtgggtgg ggagggaggt gtttaacggc
1501 actgtggcct tggtctaact tttgtgtgaa ataataaaca acattgtctg
我设计的引物是:
sense:5-agcacgaacgagcccagcac-3
antisense:5-ggtaaggaagccagccaagag-3
primer premier5.0分析见浏览框:
此外,在上面设计的引物上加入酶切位点后得到最终的引物序列,sense的5'端加BamH1酶切位点ggatcc,antisense5'端加Hind111酶切位点aagctt,而ata和 cgc为保护性碱基. 如下:
sense:5-ata ggatcc agcacgaacgagcccagcac-3
antisense:5-cgc aagctt ggtaaggaagccagccaagag-3
用这对引物经RT-PCR从mRNA能得到我的目的基因吗?请各位帮我Blast分析一下可行吗?我不会用Blast分析.是否还有更好的选择?
我等着急用,谢谢!!!
heme oxygenase-1基因序列如下:
1 tcaacgcctg cctcccctcg agcgtcctca gcgcagccgc cgcccgcgga gccagcacga
61 acgagcccag caccggccgg atggagcgtc cgcaacccga cagcatgccc caggatttgt
121 cagaggccct gaaggaggcc accaaggagg tgcacaccca ggcagagaat gctgagttca
181 tgaggaactt tcagaagggc caggtgaccc gagacggctt caagctggtg atggcctccc
241 tgtaccacat ctatgtggcc ctggaggagg agattgagcg caacaaggag agcccagtct
301 tcgcccctgt ctacttccca gaagagctgc accgcaaggc tgccctggag caggacctgg
361 ccttctggta cgggccccgc tggcaggagg tcatccccta cacaccagcc atgcagcgct
421 atgtgaagcg gctccacgag gtggggcgca cagagcccga gctgctggtg gcccacgcct
481 acacccgcta cctgggtgac ctgtctgggg gccaggtgct caaaaagatt gcccagaaag
541 ccctggacct gcccagctct ggcgagggcc tggccttctt caccttcccc aacattgcca
601 gtgccaccaa gttcaagcag ctctaccgct cccgcatgaa ctccctggag atgactcccg
661 cagtcaggca gagggtgata gaagaggcca agactgcgtt cctgctcaac atccagctct
721 ttgaggagtt gcaggagctg ctgacccatg acaccaagga ccagagcccc tcacgggcac
781 cagggcttcg ccagcgggcc agcaacaaag tgcaagattc tgcccccgtg gagactccca
841 gagggaagcc cccactcaac acccgctccc aggctccgct tctccgatgg gtccttacac
901 tcagctttct ggtggcgaca gttgctgtag ggctttatgc catgtgaatg caggcatgct
961 ggctcccagg gccatgaact ttgtccggtg gaaggccttc tttctagaga gggaattctc
1021 ttggctggct tccttaccgt gggcactgaa ggctttcagg gcctccagcc ctctcactgt
1081 gtccctctct ctggaaagga ggaaggagcc tatggcatct tccccaacga aaagcacatc
1141 caggcaatgg cctaaacttc agagggggcg aaggggtcag ccctgccctt cagcatcctc
1201 agttcctgca gcagagcctg gaagacaccc taatgtggca gctgtctcaa acctccaaaa
1261 gccctgagtt tcaagtatcc ttgttgacac ggccatgacc actttccccg tgggccatgg
1321 caatttttac acaaacctga aaagatgttg tgtcttgtgt ttttgtctta tttttgttgg
1381 agccactctg ttcctggctc agcctcaaat gcagtatttt tgttgtgttc tgttgttttt
1441 atagcagggt tggggtggtt tttgagccat gcgtgggtgg ggagggaggt gtttaacggc
1501 actgtggcct tggtctaact tttgtgtgaa ataataaaca acattgtctg
我设计的引物是:
sense:5-agcacgaacgagcccagcac-3
antisense:5-ggtaaggaagccagccaagag-3
primer premier5.0分析见浏览框:
此外,在上面设计的引物上加入酶切位点后得到最终的引物序列,sense的5'端加BamH1酶切位点ggatcc,antisense5'端加Hind111酶切位点aagctt,而ata和 cgc为保护性碱基. 如下:
sense:5-ata ggatcc agcacgaacgagcccagcac-3
antisense:5-cgc aagctt ggtaaggaagccagccaagag-3
用这对引物经RT-PCR从mRNA能得到我的目的基因吗?请各位帮我Blast分析一下可行吗?我不会用Blast分析.是否还有更好的选择?
我等着急用,谢谢!!!
